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坎波-福米奥和约的签订使意大利军团的活动也发生了变化，他们沿阿迪杰河在与奥地利划定的新疆界上设置了警戒线，变成了一支占领军。撒丁国王已经流亡国外，皮埃蒙特成了法国的一个行政区，伦巴第及其毗连的几个公爵领地也构成了一个臣属于法国的新的国家，名为西沙尔平共和国。巴黎督政府和罗马教皇之间的积怨仍有增无减，因此拿破仑之兄约瑟夫被派往罗马任大使以便在那里激起亲共和的感情，并削弱教皇的世俗权限。由于拿破仑的胜利，法国已经扩张到了其“自然疆界”之外。
此时，督政官们又为这位击败了其奥地利劲敌的青年常胜将军找到了一个新差使，即征讨剩下的唯一劲敌英国。1797年10月27日，坎波-福米奥和约签订后的第十天，拿破仑被任命为新的英吉利军团司令，原莱茵军团的德塞将军任副司令。莱茵军团和意大利军团的法军精锐都拨给了这个新组建的军团。12月初，拿破仑被督政官们召回巴黎。12月9日，贝尔蒂埃接任意大利军团司令，马塞纳大失所望。12月5日，拿破仑到达巴黎时受到了凯旋般的欢迎。12月10日，督政官们在卢森堡宫(1)为他举行了正式的欢迎大会，而塔列朗(2)则在外交部设宴招待他。他被选为法兰西研究院院士。
拿破仑立即着手为他入侵英格兰的新使命拟制计划。在此之前，奥什将军于1796年12月曾试图在爱尔兰西南的班特里湾登陆末果；1797年2月，在彭布罗克希尔的费希加德的另一次登陆企图，因计划不周也遭到了失败。总之，这是自1066年以来一直未获成功的海陆军联合行动的最新尝试，不过这次规模更大些罢了。拿破仑首先着手办的事情之一便是命令兵工厂铸造英国口径的火炮，以便“一旦我们在该国登陆就能使用英制炮弹”。这是一位炮兵军官所采用的明智的预备措施。不过，当他进一步探明海军可提供的运输船只的数量后，他就发现他的入侵计划不那么切实可行了。1798年2月中旬，他巡视了英吉利海峡的几个港口以研究港口的装载设施。返回后，他便断定这个计划是行不通的，因为法国海军还不具备充分的制海权。2月23日，他就此向督政府作了汇报。
塔列朗此时向督政府提出了一个新的计划，即出兵远征马耳他和埃及，因为这样可以切断英国与其属地印度之间的交通线。由于事前塔列朗曾与拿破仑讨论过此事，所以这个提议正合拿破仑的心意。3月5日，拿破仑向督政官们报告说，这次远征，他估计需要二万五千步兵，三千骑兵，六十门野战炮和四十门攻城炮。4月12日，督政府颁令组建东方军团，拿破仑任司令。
征服埃及是法国统治者自十字军东征以来，一直梦寐以求的伟业。路易十四盘算过此事，路易十五的外交大臣什瓦泽尔在拿破仑诞生的那一年也做过这样的梦。然而，这项计划却涉及到一个十分棘手的外交问题。这是因为自1536年以来，法国一直与土耳其苏丹结盟，而后者又是埃及名义上的君主。1797年8月16日，拿破仑上书督政府说：“我们正确评价夺取埃及的必要性以便有效地摧垮英国的日子已为期不远了。”他建议派机敏的塔列朗作为特使赴君士坦丁堡，劝说土耳其苏丹容许法国人以土耳其的名义，从其实际的统治者马穆鲁克的手中收复埃及。
1517年，土耳其苏丹萨里姆一世曾从马穆鲁克苏丹的手中夺取埃及。“马穆鲁克”(阿拉伯语意为“奴隶”)这个词是容易引起误解的。马穆鲁克本是十三世纪时，埃及的阿拉伯苏丹从高加索输入的一批信奉伊斯兰教的奴隶，其后构成了阿拉伯苏丹军队的核心。马穆鲁克的势力日益坐大，不久就篡夺了埃及的政权。直到十六世纪他们才为土耳其人所征服。但即使如此，他们还是构成了埃及的特权统治阶级，只不过每年向土耳其奥托曼苏丹纳贡而已。哈里发(3)是他们有名无实的统治者，而苏丹派往埃及的帕夏(4)即土耳其驻开罗总督实际上并没有多大权威。马穆鲁克在尼罗河三角洲及其河谷享有无可争辩的权势，他们只把周围的沙漠留给贝督因游牧部落的酋长们治理。
拿破仑把征服的矛头对准埃及时，心中还有进一步的目标，那就是摧毁英国在印度日益增长的势力。他想以埃及为垫脚石东进，如他所希望的那样，与土耳其结盟，然而再与迈索(5)的蒂普苏丹联合起来，把英国从印度赶出去。当时恰巧有一位名叫亚瑟·韦尔斯利的英军中校在印度组织了一支远征军征讨蒂普苏丹。拿破仑进军印度的设想，也并非异想天开不可思议。法国在印度洋所拥有的领地毛里求斯岛也可以构成东进的另一块垫脚石。颇有意味的是拿破仑动身前往埃及时在其图囊里就装有詹姆斯·伦内尔1781年出版的包括印度斯坦一侧的战区和贸易区的孟加拉湾地图册。
马耳他岛位于通往埃及的途中，也是一块令人眼馋的肥肉。它控制西西里海峡，具有重要的战略意义，当时为耶路撒冷的圣约翰骑士团所把持。圣约翰骑士团是中世纪骑士制度和十字军东征残存下来的骑士团的后裔。这帮人养尊处优，无所用心。俄国和奥地利当时都想染指该岛。因此，防止该岛落入俄奥之手，正是法国利害之所在，况且瓦莱塔港还可以构成一个优良的基地以对付英国舰队。所以，督政官们立即批准了夺取马耳他和埃及的计划。另一方面，为这位野心勃勃的青年将军找到了一个好差使，他们也许非常高兴，他们希望他远离巴黎，在外呆得越久越好。
东方军团的组建工作进展很快，拿破仑有权任意挑选军官和部队。贝尔蒂埃自然又成了他的参谋长，其参谋班子由他的弟弟路易，他的继子欧仁·博阿尔内，上校马尔蒙、缪拉和朱诺，中校迪罗克和上尉拉瓦莱特组成。贝西埃尔上校指挥司令官的私人卫队。5月9日，拿破仑由巴黎到达土伦，检查三万七千官兵登船的最后准备工作。在登船前夕，他向部队发表了动人心弦的演说，答应在他们回国时每人分给六英亩土地。
这支远征队最显著的特征也许是它含有一支由167位科学、技术和文化专家所组成的考察团。他们是去调查研究埃及的自然资源和古代文物的。他们之中有博物学家、物理学家、化学家、地图测绘人员、工程师、考古学家和艺术家。在征集这支队伍时，拿破仑得到了他的科学顾问和朋友蒙日(1746-1818)的大力协助。他们之间的关系类似第二次世界大战期间，彻韦尔勋爵与丘吉尔首相之间的关系。拿破仑在科学和文史方面均有广泛的兴趣，他还是一名出色的数学家。诚如后来所证明的，这次远征在考古和科学方面所取得的成果比其军事价值要伟大得多。
5月19日，这支大船队从土伦启航，它由三百余艘运输船组成，装载了二万五千名步兵、三千名骑兵、三千名炮兵和工兵。布律埃斯中将(1753-1798)指挥的十三艘大型战舰和六艘快速炮帆船负责护航。拿破仑乘坐的是布律埃斯的旗舰“东方号”。航行途中，来自科西嘉、热那亚和契维塔韦基亚等地的船队也先后加入进来。
这次远征的保密工作做得很好，仅有少数几位高级军官知道他们正驶往埃及。官方直到最后一刻还称他们是英吉利军团的左翼。有关其航行的消息，两周后才传到英国，而且即便在那时，皮特首相还以为法军要在爱尔兰登陆。侥幸的是皇家海军倒非常警惕。圣文森特勋爵的地中海舰队当时正封锁着西班牙港口加的斯，因为那里停泊着一个西班牙海军中队。5月2日，他派纳尔逊海军中将进入地中海去摸索并击毁法国的船队。纳尔逊的舰队最后是由十四艘战列舰，二艘快速炮帆船和一艘海岸炮舰组成的。如果它能截住拿破仑的舰队则一定能轻而易举地重创法国远征军。由于风暴和逆风的影响，纳尔逊直到拿破仑早已驶远后才到达土伦。然而遗憾的是他与自己的快速炮帆船分开了，这就不利于他在辽阔的地中海搜索极力躲避它的敌人。拿破仑这支庞大的船队在英国船队行踪不明的情况下，缓缓驶向公海，这的确是一种令人难以置信的莽撞的冒险行为。尽管这次赌博成功了，但那也不过是侥幸而己。
6月9日，拿破仑平安抵达马耳他岛。登陆部队在该岛分数处上岸，并立即围攻设防的瓦莱塔港。骑士团只作了象征性的抵抗便于6月12日上午三时放弃了这座坚不可摧的要塞。在其后六天里，拿破仑极为繁忙，他视该岛为法国的一个属国，重整那里的政府和经济。他留下沃布瓦将军的四千法军镇守马耳他，并于6月19日继续航行。6月30日，拿破仑抵达埃及水域。
从土伦至亚历山大港的整个航程用了六周时间。途中曾碰到过几次风暴。由于舱内拥挤加上很多人晕船，所以官兵们苦不堪言。食物变质得非常快，而在马耳他又找不到多少补给品。因此，在抵达亚历山大前夕，拿破仑告诫部队要作好吃苦的准备，并要求他们尊重伊斯兰教，上岸后力戒掳掠。
在远征船队驶近埃及海岸时，拿破仑派了一艘快速炮帆船先行，以侦察亚历山大港。这艘快速炮帆船于6月29日驶抵该港，找到了法国领事马戛龙，并于次日把他带回旗舰。从这位领事的口中，拿破仑得知纳尔逊的一艘舰船在两天前曾到过亚历山大。这位领事还告诉他，该城将会抵抗进攻，埃及当局也不会允许他的任何船只进港。拿破仑听说纳尔逊的舰队就在附近游弋，心中十分不安，便决定立即在港西的开阔滩头登陆。布律埃斯将军力劝他不要这样做，因为岸边水浅，运输船只能在离岸三英里远的水面抛锚而当时又正刮着北风。他指出在亚历山大港以东十四英里处的阿布基尔湾有一个隐蔽的锚地和滩头，是一个合适得多的登陆地点。然而拿破仑担心英国舰队会随时来袭，便拒绝了这位海军将领的忠告，并坚持立即在小渔村马拉布特附近登陆。该村在亚历山大以西八英里处。
1798年的亚历山大可不是在英国占领下经过一个多世纪的发展而形成的今天这样一个拥有上百万人口的大商港。当时仅有一万六千人，是一个破旧小镇，港口很小而且尚未开发。对于开罗而言，当时主要的港口是达米埃塔，该港位于尼罗河的东口，在亚历山大港以东一百二十英里。
7月1日中午，尽管刮着北风，部队还是开始在马拉布特登陆。登陆行动是缓慢而艰难的，但是到第二天拂晓时，由邦、梅努和克莱贝尔(6)所指挥的三个师中的部分官兵已经登岸，只是没带火炮、骡马和给养。所有的人都晕了船而且有些人还被淹死。拿破仑决定立即向亚历山大前进，尽管他只有四千人上岸而且没有炮兵。他们没带食物和水，沿着沙丘痛苦地向前进军并迅即向该镇发起冲击，结果只遇到了微弱、零星的抵抗。中午时分，法军以伤亡三百人的代价占领了亚历山大，不过克莱贝尔和梅努两位师长也负了伤。
拿破仑用阿拉伯文向当地居民发布了一份异乎寻常的告示。他声称法国人不是来打埃及人，而只是打击压迫他们的马穆鲁克统治者。他还宣称法国人是真穆斯林，并早已废黜了“经常挑唆基督徒与穆斯林打仗”的教皇。因此，他要求所有真正的埃及人应帮助法国人驱逐马穆鲁克。然后，他便向当地教长和阿訇授以三色勋章。
六天之后，所有的部队和物资都上岸了。拿破仑把全军分成五个师，开始向开罗进军。克莱贝尔率二千人留守亚历山大并任总督，梅努受命占领罗塞塔后也留任总督。梅努的师由维埃接管，而克莱贝尔的师由杜高接管。杜高师先向东开赴罗塞塔，然后由罗塞塔沿尼罗河的西面支流溯河而上，保护由船只运送的辎重、弹药和文职人员；佩里上校指挥的炮艇负责护航。拿破仑则率德塞、雷尼埃、邦和维埃的四个师抄近路，穿沙漠，经达曼胡尔向尼罗河上的拉曼尼亚进军。这段长达五十二英里的进军是在全年最炎热的季节进行的。拿破仑陷入了几乎完全无水的沙漠，一群群骑马的阿拉伯人在其翼侧伺机而动，随时准备捕杀掉队的法军。令人难以置信的似乎是拿破仑竟疏忽到这种程度，他不但没有给部队提供热带服装而且连水壶也没有准备。部队干渴难熬，口粮也仅是从船上带来的硬饼干。任何跟不上大部队的掉队者都会遭到贝督因人的凌辱和肢解。部队不敢歇息一气走到尼罗河边，在那里又因暴食西瓜而普遍腹泻。部队士气低落，而师长们也纷纷在拿破仑面前叫苦不迭。
在拉马尼亚，这支沙漠纵队与杜高师会合了。杜高师自罗塞塔溯尼罗河而上的进军则轻松得多。尽管拿破仑的四个师一路历尽艰辛，他还是决定不让他们休息，为了趁马穆鲁克面对拿破仑十天前的登陆尚惊魂未定之际打它个措手不及，他必须立即向上游一百余英里的开罗进军。7月11日下午，他检阅了部队并告诉他们明天就可能遇到敌人，他获悉马穆鲁克的前卫在穆拉德的指挥下已抵达其南面八英里处的舒卜拉基特，而且还得到了一队炮艇的支援。
法军在12日夜间继续行军并于拂晓前抵达舒卜拉基特。在这里，拿破仑把每一个师都组成一个方阵，每个方阵六列纵深，在方阵的四角都配备有火炮；五个方阵成梯次配置，杜高师在左侧，靠近尼罗河以便与船队保持联系。日出时，各团乐队在方阵中奏起了马赛曲。这时，法军看见马穆鲁克的骑兵已经作好了战斗准备，大约有一万至一万二千人。穆拉德的战士们策马向前想试探法军的方阵，结果发现到处都是法军的枪刺刀丛。最后他们开始冲锋，但立即遭到了滑膛枪和霰弹的迎头痛击。他们反复冲杀，始终未能攻破法军的方阵。在左翼，佩里的船队却遇到了麻烦，由希腊水手操纵的马穆鲁克的七艘炮艇咬住了他。佩里仅有三艘炮艇和两艘载着所有科学家和其他文职人员的大驳船。法军船队大约伤亡了三十人，可是佩里的炮艇却有一炮直接命中了马穆鲁克旗舰的弹药舱，舰上的人全被炸死。其余的炮艇惊慌失措，一片混乱，不战自退。
将法军以师为单位组成方阵来对抗马穆鲁克的骑兵冲击，这是拿破仑在舒卜拉基特会战中临时想起的一个非凡的战术应变措施。在此以前，法军从未采用过这种队形。英军在半岛战争期间，每当步兵暴露在骑兵攻势面前时倒常采用营方阵，但从未如此大规模地以整师的兵力构成方阵，拿破仑也许是从他过去对亚历山大的马其顿方阵所作的历史研究中推演出来的，这无疑为对付马穆鲁克的战术提供了答案。
交战一结束，拿破仑立即乘胜追击渍退之敌。尽管怪石嶙峋且天气酷热难熬，法军仍勇往直前。7月20日傍晚，法军抵达离开罗只有12英里远的尼罗河分叉处。在那里，拿破仑获悉马穆鲁克的全部军队都在开罗以北的尼罗河两岸严阵以待。穆拉德在左岸的因巴拜，而易卜拉欣则在右岸的布拉克。在他们之间，还有一支马穆鲁克的武装船队守在卫在河上。
法军于21日凌晨2时开始进发，大约到下午2时，就碰上了在因巴拜掘壕据守的马穆鲁克，他们大约有步兵一万二千人，同时翼侧有五千骑兵。而法军五个师计有战斗兵力二万五千人。金字塔远远望去赫然耸现。拿破仑又象在舒卜拉基特一样把五个师摆成了五个方阵，德塞在右，杜高在左(靠近尼罗河岸)。法军方阵刚刚摆好，穆拉德就率其全部骑兵向法军冲击。结果与舒卜拉基特时一样，只不过规模更大些罢了。马穆鲁克的骑兵以令人难以置信的英勇反复冲锋，但都遭到法军霰弹和排枪的射杀。经过两小时的激战，马穆鲁克损失了七八百人，这才弃阵而逃。穆拉德经开罗向尼罗河上游退去，而易卜拉欣则率右岸的部队朝东北方向的西奈沙漠逃去。法军也伤亡了三四百人。
十天之后，拿破仑好运已尽，厄运降临。他原留在亚历山大的舰队是由布律埃斯将军指挥的，但拿破仑定时并未对其下一步行动路线作明确的指示。布律埃斯的舰队既可在那里的旧港隐蔽，也可在旧港以东十四英里相当隐蔽的阿布基尔湾锚泊。如果这两地都不合适，他还可以驶往八百英里外的科孚岛。布律埃斯在测量了旧港的水深后断定旧港容不下他的全部舰只，而且一旦纳尔逊的舰队出现，他的舰队就会陷入困境。因此，他决定把他的十三艘战舰和四艘快速炮帆船停泊在阿布基尔湾，在距海岸约一英里半远的海面上与海岸平行成一字摆开。
8月1日下午，纳尔逊的十四艘战舰，载着一千门火炮，顺风驶向阿布基尔湾。布律埃斯为之就范。那天下午，他的水手正好有一半在岸上搜集饮水和给养。纳尔逊的舰只向他们逼近，其中有些舰只冒险驶进法国军舰和浅滩之间的狭窄水道。法国军舰没有料到朝陆地的那面会受到攻击，没有在那边配置炮手。现在法舰两侧都受到近距离炮火的扫射。尽管他们也进行了英勇的抗击，但终为掌握更佳的驾驶技术和射击技术的英军所击败，布律埃斯将军战死。当晚他的旗舰“东方号”也起火爆炸。次日拂晓，除了在后面的维尔纳夫将军的海军中队外，所有的法军舰只都被打得不能动弹。维尔纳夫的两艘战舰和两艘快速炮帆船由于未与敌舰激战才得以脱险。纳尔逊的舰队也由于损伤惨重而无力追击。
尽管自己的指示非常空泛，但拿破仑还是把这次惨败的责任全推到那位倒霉的海军将军身上。至此，他的军队与法国的联系已被切断。仅剩下亚历山大港的两艘快速炮帆船和几艘传递公文的船只，而那些船只也冒被胡德准将歼击的风险。胡准将的中队是纳尔逊专门留下来封锁埃及海岸的。这么一来，这位埃及征服者的形势就不妙了。尽管他在两次战斗中都击败过马穆鲁克，但他并没有消灭他们。易卜拉欣已越过西奈半岛退往巴勒斯坦，而穆拉德则往南退到了上埃及。
9月2日，即阿布基尔湾海战一个月之后，土耳其向法国宣战。而拿破仑过了很久才得知这个消息。拿破仑即使知道了也装做不知道。其实，这件事是于他极为不利的。第一，它使抗法运动强硬起来，这一抵抗运动不仅得到了马穆鲁克的支持而且也得到了广大农民和贝督因牧民的响应，因为苏丹和哈里发已向这些异教徒发起了圣战。第二，这就使拿破仑的那些宣传成了一派胡言，因为他一直都声称他是代表其朋友和盟友苏丹从马穆鲁克的压迫之下解放埃及的。第三，这还意味着孤守埃及的法军最终必将受到土耳其的陆军和英国海军的联合进攻。
然而，拿破仑对这些危险却视而不见，继续巩固他在整个埃及的权力。在把易卜拉欣逐到西边的巴勒斯坦后，他在八月底又派德塞率一个战斗力较弱的师和几艘炮舰溯尼罗河而上去追击穆拉德的残兵。尽管德塞以巨大的精力和决心执行这项任务，但仍未取得决定性的胜利。德塞不顾重重困难，把穆拉德一直追到阿斯旺，在那里他为第一大瀑布所阻。他甚至还派了一支骆驼队去占领红海边的古赛尔，以便阻止穆拉德获得麦加方向的阿拉伯部队的增援。马穆鲁克及其阿拉伯盟友虽然屡战屡败，但他们通常都能设法避免决定性的会战。
此时，拿破仑在开罗还有个人烦恼有待解决。他已了解到约瑟芬对他不忠，因此他的脾气也变得越来越暴躁。为了寻求安慰，他勾引了一个骑兵少尉的妻子。这个女人是在土伦偷偷登船跟丈夫一起过来的。10月21日，在开罗爆发了一场意外的反抗法军占领的暴乱，但两天之内就被无情地镇压下去了。爱资哈尔清真寺据认为是暴乱的中心，结果遭到了毁灭性的炮击。拿破仑给在罗赛塔的梅努的信中说：“在开罗这边，我平均每天要砍五六个人头。”
将近12月底时，拿破仑率一支小型侦察队前往苏伊士，该地早已为邦将军所占领。他的主要目的是想获得西奈半岛的阿拉伯部落的友谊以便实现其进军印度的伟大梦想，这一梦想象海市蜃楼一样浮现在他的脑际。其实在来埃及之前他就制订了这一计划，但当时是想与土耳其结盟来执行这一计划的。既然自己的行动已引起了土耳其的反对，他就寄希望于阿拉伯世界起来反对他们，因此他的这一着比T·E·劳伦斯(7)的梦想还要早。他新近获悉叙利亚的土耳其总督杰查(外号“屠夫”)正在阿克附近集结一支土耳其军队准备入侵埃及。
拿破仑决定先发制人。他计划进军阿克，击败杰查，然后率领新召募的五万大军(包括法国人，阿拉伯人和努比亚人)逼迫苏丹言和，进而协助他进军印度。11月19日，他给杰查下了最后通谍：“如果你继续在埃及边界为易卜拉欣提供避难所，我将视之为战争行为并将向阿克进军。”由于未获答复，拿破仑便按计划行事。为了入侵巴勒斯坦，他集结了一支由四个师组成的远征队，分别由克莱贝尔、邦、拉纳和雷尼埃指挥；杜高留下镇守开罗，梅努驻防罗赛塔。德塞师仍留在上埃及征讨穆拉德。1799年1月25日，拿破仑给在塞林加帕坦的蒂普苏丹写了一封信，告诉他“一支难以数计和无往不胜的法军”即将把他“从英国的铁枷下”解救出来。然而，他却未料到四个月后，蒂普苏丹竟会陈尸于他的要塞的残垣断壁之中，英国的阿瑟·韦尔斯利中校成了那里的总督。
拿破仑于2月10日从开罗出发。其前卫雷尼埃师比他早走了两周，但2月8日，在阿里什，却受阻于土耳其的边防要塞。与当初相比，法军现在较为适应这里的水土了，而且为了适应沙漠作战还改善了部队的装备，大多数人都有了水壶，还发放了热带棉布制服。但这又有不幸之处，因为拿破仑没有料到巴勒斯坦沿海地区二月份的天气特别寒冷潮湿。这次的气候就非常恶劣，结果部队吃了不少苦头。
2月17日，当拿破仑到达阿里什时，他发现雷尼埃师和克莱贝尔师久攻不克，至今依旧在土耳其要塞面前止步不前，不禁非常恼火。由于过分乐观，他在达米埃塔把所有的攻城炮都装船海运，预定在阿克卸载供他使用。然而在预定的航线上却为英国海军所截获。于是，他便集中所有的野战炮对敌人要塞猛轰。2月20日，九百名土耳其和马穆鲁克守军投降，法军继续前进。24日，法军未遇抵抗便进入加沙；3月3日，法军兵临雅法城下遭到守军的顽强抵抗。3月7日，法军工兵在城墙上炸开了一个缺口，该城遂被攻克并遭洗劫；法军在城内大肆奸淫掳惊，其行为也许只有十三年后英军在巴达霍斯的行为才能与之相比。然而，更有甚者，当在堡垒内据守的二千五百名土耳其部队于第二天投降之后(他们的投降条件是免于一死)，拿破仑仍下令屠杀这些战俘。这是拿破仑生平及其人格上最大的一个污点。他把他们驱赶到海边枪杀或刺死，他的借口是他既无足够的部队押送这些战俘回埃及也没有足够的口粮养活他们。在城内，法军找到了四十万份干粮和一百吨大米，但同时也出现了鼠疫。自此，法军每天都有三十人死于这种疫病。
在拿破仑的本性中有许多东西是相互矛盾和难以理解的。他坚信只有害怕鼠疫的人才会染上鼠疫。为了证明这一点并提高部队的士气，他于3月11日走访了设在雅法清真寺内的疫病医院，并帮助搬运死于鼠疫的尸体，结果安然无恙。在卢浮宫中格罗的名画所纪念的就是这件事。这一勇敢行动顿时打消了部队里的疑虑。3月17日，拿破仑到达海法并在卡梅尔山设立了司令部。由此向北，隔海望去，就是杰查的老巢阿克要塞。阿克要塞是十字军时代的一个古堡，此时已开始坍塌。其真正的价值在于地理位置，它三面环海，耸峙在一个岩质半岛之上。要塞里有二百五十门火炮，守将是一位年长而坚强的土耳其人。他得到由两艘战列舰和几艘炮艇组成的一个英国海军中队的支援，其指挥官是卓越的西德尼·史密斯海军准将(1764-1840)，他替换胡德准将封锁埃及沿海。在他的旗舰上有一位同样卓越的，领有英军上校军衔的法国炮兵军官菲利波。菲利波是1791年由法国移居英国的。此前，曾营救西德尼·史密斯从法国监狱脱险。菲列波曾是拿破仑在巴黎军校时的同班同学，而且两人都是在1785年9月1日取得军官资格的。不过，两人一向不和并彼此憎恶。
在拿破仑抵达卡梅尔山的当天，运载其攻城炮的船只也到了阿克港外。这些炮到达得倒正是时候，但那天雾大，结果这些船一头闯进了英国海军中队的怀抱，以致全数被俘获。拿破仑攻城时不仅没有用上这些重炮，反倒遭到了这些重炮的轰击，因为它们被英军转给了守城的土耳其军。但拿破仑毫不气馁，他包围了该要塞朝陆地的那一部分，并于3月28日发动了第一次不成功的强攻。4月1日，在爆炸了一枚地雷之后，又发动了一次强攻，结果也失败了。法军伤亡惨重。此外，每周死于鼠疫者也多达一百四十余人。西德尼·史密斯派了八百名陆战队员增援土耳其守军，同时菲利波的炮兵指挥技术对于守城部队的支援也是无法估量的。菲利波由于劳累过度加上瘟疫的影响，在围城战的最后一周病死。
现在威胁法军的另一个危险是，大马士革的帕夏派出的一支土耳其大军将从后方攻击围城的法军。4月16日，克莱贝尔率领的一个二千人的支队在阿克东南厄斯德累伊伦平原的塔波尔山遭到了攻击。法军英勇抗击达十小时之久，眼看弹药即将耗尽，就在这千钧一发之际，拿破仑率领邦师赶到并将这股土耳其人击退。拿破仑当晚就在拿撒勒修道院过夜。此后三周，他不顾伤亡，反复向要塞进攻，但都失败了。他的总工程师加法雷利将军战死，不过城墙已被地雷炸开了一个缺口。5月10日，拿破仑组织的最后一次进攻也被击退而且伤亡惨重。拿破仑终于决定放弃围城。
5月16日，拿破仑暗示他的主治军医德热内特让所有的疫病患者服过量的鸦片，但遭到了他的拒绝。他说他的职责是拯救生命而不是杀人。次日，拿破仑向其部队发布了一个自欺欺人的离奇告示，说什么他们业已完成使命，即将返回埃及。5月20日，法军开始撤退，四天之后到达雅法。5月27日，总司令在上呈督政府的报告中称：“(他们)在过去三个月中已在叙利亚光荣地完成了任务。”他解释说，之所以不让部队进入阿克是因为该城瘟疫猖獗。他从军医院将所有尚能步行的人挑了出来，然后命令药剂师毒死了其余的人。次日，法军炸毁了雅法要塞，并越过西奈沙漠继续痛苦地撤退。一路上，部队士气低落到几乎哗变的程度。6月14日，他们到达开罗。一周之后，拿破仑命令海军将军冈托姆在亚历山大港准备两艘快速炮帆船待命出港。
7月14日，有消息传到开罗说，一支土耳其舰队已抵达亚历山大港外并准备登陆。拿破仑立即率领一个纵队长驱一百英里沿尼罗河而下至拉曼尼亚。在那里，他才获悉一个土耳其运兵船队在西德尼·史密斯的海军中队护送下，已在阿布基尔湾登陆了八千人并俘虏了据守该要塞的法军。不过，这支土军没有前进而是在该堡以南的滩头掘壕据守。拿破仑在集结了一万人之后，于7月25日拂晓向土军防线发起进攻。缪拉准将率一个骑兵旅冲击，结果突破了土军的防线，他还亲手砍伤并俘虏了土军司令。土军被赶进大海，数千人战死或淹死，不过仍有少数残余土军坚守该堡一直到8月28日。法军伤亡约一千人。
在阿布基尔之战结束，双方交换俘虏时拿破仑从西德尼·史密斯送给他的报纸中得知，法国国内局势正急转直下在莱茵和意大利的法军被奥军和俄军击败；举国上下惊惶不安，一片混乱。“祖国处于危险之中！”这对拿破仑的确是一个很好的借口。他决定返回法国。8月l1日，他去开罗待了一周。8月18日，他带了一批精心挑选的人材，乘夜幕悄悄离开了开罗，声称他要去上埃及视察，却登船沿尼罗河而下。他抛弃了他的部队也抛弃了他的情妇。22日，他抵达亚历山大港，黄昏之后，他在冈托姆将军的陪同下登上了一艘快速炮帆船。翌晨，他在拂晓的微风中起航，仅留给克莱贝尔一封信，命令他代理东方军团司令。经过四十七天的顺利航行并成功地避开了纳尔逊的舰队之后，拿破仑于10月9日在圣拉菲尔登岸。
以上用大量篇幅，不厌其详地交待了拿破仑远征埃及的经过，这是因为，这次远征标志了拿破仑从一个军人到军人政治家的过渡。作为一名军人，他在业已取得的欧洲山地作战经验和平原作战经验的基础上，又增加了沙漠战作战经验。在意大利时，他尝试过政治科学和行政管理；他曾向王公贵族及其臣民勒索过捐税和贡品，也曾迫使国王，教皇和皇帝缔结过条约。但在埃及时，他却更有建树：在一个迥然不同的国家里，他俨然是一个不受约束的统治者和法典制定者。他把生机勃勃的西方技术嫁接到日渐衰败的东方传统的树干之上，从而创造了一种崭新的混合文明。实际上，他奠定了近代埃及的基础。由蒙日和贝托莱为首的专家们在科学文化方面所取得的成就是巨大的，他的确比代价高昂而又空泛的军事成果要伟大得多。在文化方面所作的这种努力应归功于拿破仑的远见卓识和充沛的精力。
此外，拿破仑远征埃及还以其强烈的反差使我们得以见到拿破仑的人品。一方面是他那高远的志向，极端的自信，强大的吸引力，义无反顾的勇气，无与伦比的军事技巧；而另一方面则是无比的残忍，对人类生命和情感的极度漠视，天生的自私自利，马基雅维利式的奸诈以及最后遁逃的卑鄙无耻。然而不久以后法兰西共和国的第一执政就是从这个莫明其妙的不协和的混合体中出现的。
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