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穆尔所率英军自科鲁尼亚撤走之后，拿破仑便以为他已排除了英军再次干涉西班牙的一切可能性。诚然，葡萄牙仍有待征服，但此事可以放在彻底打败奥地利以后再说。他现在的当务之急是竭尽全力攻占奥地利首都。通往维也纳的捷径是经由多瑙河谷。1805年，乌尔姆大捷之后，他就是由此打到维也纳的。
1月24日，拿破仑从巴利阿多利德一回到巴黎，便立即开始为新的多瑙河战役组编部队。他认为奥军在4月15日之前不会行动，所以觉得有充裕的时间作准备。2月15日，他命令当时正在巴利阿多利德镇守西班牙北方各省的贝西埃尔把近卫军送回巴黎。其后一周，情报部门向他呈交了一份奥军最近兵力部署报告。当奥军编为九个军，由查理大公指挥：
右翼位于波希米亚计有：贝利加德伯爵，柯罗华特伯爵，罗森贝格亲王，十二万人；列支敦士登的约翰亲王，四万五千人。
左翼位于施蒂里亚和卡林西亚计有：冯·席勒男爵，卡斯特勒将军，盖雷将军，九万五千人；
合计：二十六万人。
另有两个军作预备队，计十万人，一支在加利西亚由费迪南大公指挥，另一支由路易大公指挥保卫维也纳。
查理大公的打击力量显然大大超过了法军在德意志境内可调集的兵力，因为把达武、乌迪诺和贝尔纳多特的兵力加起来也不过九万人。所以根本不存在拿破仑象1805年那样立即采取主动进攻的问题。对此，拿破仑明智地决定采用攻势防御战略，聚集兵力，后发制人，待敌暴露意图后予敌以打击。所以，在战争初期，他只命令德意志境内的部队在多瑙河谷的雷根斯堡附近集结，静观奥军行动。当务之急是增强德意志兵团的兵力，但由于西班牙的局势仍不太稳定，他也难以从该战区抽调过多的部队。
2月21日，拿破仑令其陆军大臣克拉尔克派人召请马塞纳元帅，要他指挥一个新组建的“莱茵观测军”，因误伤失明的马塞纳此时已经康复，该军由四个步兵师和一个轻骑兵师组成，预定3月12日以前在斯特拉斯堡集中。拿破仑接着便向莱茵邦联的德意志诸国(巴伐利亚、符腾堡、萨克森、巴登和黑森-达姆施塔特)发出警告，说他们的自由正受到奥地利侵略的威胁，因此他们必须进行动员并将他们的军队在3月20以前交他调遣。这样，他就获得了大约十万人的增援，其中仅巴伐利亚军颇有战斗力，其他德意志军队只适用于维护交通线。这些仆从国君主身不由己，只好俯首听命。巴伐利亚国王马克西米连·约瑟夫请求让其王储指挥巴伐利亚军，但拿破仑不予批准，而是把指挥权授予但泽公爵勒费弗尔元帅，此公由于缺乏能力，刚被拿破仑从西班牙军团撤换下来。贝尔纳多特则从汉堡调到德累斯顿，奉命接替指挥萨克森国王所提供的军队。
有关奥军在因河右岸集结的报告不断送至拿破仑手中。3月24日，他命令用马车把近卫军从西班牙运回巴黎，以便他们一天能完成三天的行程。贝西埃尔从西班牙北部地区调来指挥德意志军团的骑兵军，因为缪拉已被晋封为那不勒斯国王。贝西埃尔原来的职务则由克勒曼将军接替，后者在马伦哥战役时表现突出，调任前一直与朱诺一起在葡萄牙作战。
3月28日和30日，拿破仑就德意志军团的编成和部署，向贝尔蒂埃下达了极为详尽的长篇指示。他预料奥军将在4月15日发起进攻。因为奥地利驻法大使梅特涅仍在巴黎，尚未申领归国护照。如果奥军在4月10日前进攻，那么法军就应在莱希河之后集结，右翼置于奥格斯堡，左翼置于因戈尔施塔特和多瑙沃尔特之间的多瑙河谷上，皇帝大本营设在多瑙沃尔特。斯特拉斯堡将作为主要的补给基地，奥格斯堡和因戈尔施塔特则为前进补给基地。此外，要在多瑙河上组织船运，输送弹药给养，还要大量烘制面包干粮。总医院应设在乌尔姆、奥格斯堡和多瑙沃尔特。德意志军团编成应如下表：
第二军，拉纳(1)：三个步兵师40,000人，一个半骑兵师6,000人，火炮57门；
第三军，达武：四个步兵师45,000人，二个骑兵师6,000人，火炮66门；
第四军，马塞纳：四个步兵师30,000人，一个骑兵师5,000人，火炮68门；
第七军(巴伐利亚军)，勒费弗尔：三个步兵师30,000人，一个骑兵师4,000人，火炮60门；
骑兵军，贝西埃尔：四个骑兵师6,000人；火炮6门；
合计：十四个步兵师145,000人，九个半骑兵师27,000人，火炮257门。
该军团在近期内还可望得到近卫军的增援，计有一万八千步兵，四千骑兵和六十门大炮。为了保卫交通线，还正在组建第八军，由奥热罗指挥；第九军萨克森军，由贝尔纳多特指挥；和第十军，由热罗姆国王指挥。
不过，拿破仑现在被迫陷于两线作战的境地，这是他始料不及的。3月21日，他曾写信给其兄约瑟夫，痛斥他把西班牙战事搞得不可收拾。
拿破仑对下属将领一贯控制过度，集指挥大权于一身，他现在正开始自食其果。他的将军们如果仅仅具有领导者的独立工作能力并不能升任元帅，而必须在他的眼皮下执行他的命令表现出热情和主动精神。在其十八位元帅之中，唯有马塞纳和达武有能力指挥一个军以上的兵力。马塞纳在1799年曾娴熟地指挥黑尔维谢军团而拯救过法国；达武也曾完全靠自己而赢得奥尔施泰特战役。但是，内伊在埃尔欣根，苏尔特在奥斯特里茨却都是直接在拿破仑的亲自指挥下作战。他们的确是优秀的战术家，但却没有表现出任何战略天才。因此，当拿破仑无暇兼顾西班牙战场的军事行动时，其指挥系统的弱点便暴露无遗。
在西班牙的那些元帅们极为蔑视他们名义上的总司令，庸碌无为的约瑟夫国王以及他那无能的参谋长儒尔当元帅，后者甚至比不上拉纳、内伊、苏尔特、莫蒂埃和维克托，连公爵都不是。由于地理因素把该国分成了若干相隔甚远的防区，因此这些防区里的元帅们对马德里来的命令往往置若罔闻，比这更糟的是，他们还互相嫉妒倾轧从而妨碍了相互间的一切合作。此后由于拿破仑再也没有回到西班牙坐镇指挥，西班牙战场的这种不幸局面一直延续了四年，而这也正是拿破仑未能征服伊比利亚半岛的一个主要原因。
拿破仑在1月份离开西班牙之前曾指示苏尔特，一俟英军撤走，就应从加利西亚入侵葡萄牙并进占波尔图和里斯本。维克托军则应由巴达霍斯，直下瓜迪亚纳河谷，然后转入塔古斯河谷进抵里斯本，以支援苏尔特的进军。拉庇塞师由萨拉曼卡前出，负责两军之间的衔接。然而，苏尔特既未得到维克托的支援又未得到拉庇塞的呼应。最后他总算是克服了葡萄牙民兵的抵抗，于3月29日攻占了波尔图。不过六周后，他又被阿瑟·韦尔斯利爵士撵出了葡萄牙。至于内伊军，因在加利西亚为西班牙拉罗曼纳的军队所牵制，根本无法动弹。4月2日，拿破仑怒气冲冲地写信给约瑟夫：
西班牙的局势日趋严重。你怎能这么长时间不问埃尔欣根公爵(内伊元帅)的音信呢？而且，尽管拉罗曼纳在加利西亚和卡斯蒂利亚之间活动，同时在阿斯图里亚斯也出现了叛乱，你又怎么能把拉庇塞师派往南方而不把它用于北方呢？我真不明白你在干些什么？我只知道麻烦还在后面。……你的当务之急是赶紧恢复与埃尔欣根公爵的联系。
但西班牙的事情并非拿破仑的唯一烦恼。一段时间以来，他对教皇的态度也一直不满，因为他认为教皇一直在煽动奥地利人起来反对他。4月5日，他写信给在那不勒斯的缪拉说；
我已下令就此了结罗马的事情，捣毁这个暴乱的温床。……收到此信后，即请在边境集合部队并闪击罗马。……我想要萨利切蒂继续留在罗马作缪利斯将军的顾问，他们必须组织一个新政府。你可以向人们保证教皇依旧是主教，只不过他再也不能干预世俗事务罢了。
但继续令这位皇帝恼怒的还是西班牙战场的那些将领们的作为。4月9日，他指示陆军大臣：
请写信告诉儒尔当元帅，就说我对他指挥不力极为不满。如此缺乏主动精神势必导致灾难性的后果。命令克勒曼将军进军比利亚弗兰卡简直是胡闹，因为他只有骑兵。他完全可以进军阿斯托尔加和贝纳文特，而绝不该把他拴在山区。调走他的炮兵是一个严重错误，这位将军现在恐怕连摧毁一幢房屋的手段都没有。正如你曾多次做过的那样，你要向他(指儒尔当元帅)重申，他的首要目标是立即与埃尔欣根公爵取得联系。这样无动于衷，这样忽视战争的首要原则其后果是不堪设想的。
但是，东线正在发生的事情更为重要。4月20日，拿破仑给在斯特拉斯堡的贝尔蒂埃写信说：
我看奥皇马上就要发动进攻。请立即赶赴奥格斯堡并按我的指示行事。如果敌军于15日前进攻，你务必把部队集中于奥格斯堡和多瑙沃尔特。命近卫军开赴斯图加特并把我的马也带去。
几小时后，他又用旗语发了一份更为紧急的通报：
维也纳送给梅特涅(2)的情报己被我方截获，他要求发给护照一事无疑表明奥地利即将采取敌对行动，即使在此以前他们尚未如此的话。利沃里公爵(马塞纳元帅)应率军向奥格斯堡运动而且你本人也应赶去。……奥尔施泰特公爵(指达武元帅)应将其司令部设在尼恩贝格。如果奥军在15日之前进攻，各部均应退至莱希河一线。
正当拿破仑为西班牙战场指挥失当而烦恼，同时又拟对罗马教皇发动进攻之际，奥军实际上却暗中抢先了一步。4月9日，查理大公未经宣战即率四个军共十四万人在帕绍和布劳瑙之间越过了因河边境线。康特·科鲁华特将军率第五个军为其右翼，自多瑙河北部向雷根斯堡推进。查理大公指挥的奥军主力向西推进至多瑙河和伊萨尔河谷。其左翼则直指慕尼黑。
奥军的入侵使法军措手不及。拿破仑当时仍在巴黎，代理拿破仑指挥部队的贝尔蒂埃也在后方的斯特拉斯堡。达武的第三军依照拿破仑早先的命令正从纽伦堡往南向雷根斯堡运动。乌迪诺军原定由拉纳从西班牙赶来接管，此时远在西南七十五英里处的奥格斯堡。勒费弗尔率预的巴伐利亚军在慕尼黑以北，前哨设于兰茨胡特附近的伊萨尔河谷。马塞纳的第四军正从斯特拉斯堡经乌尔姆向奥格斯堡开进。贝西埃尔的骑兵军也在大后方。这样，法军各个军就分布得很散。而如果查理大公向兰茨胡特和慕尼黑快速推进(只不过三天的行程)，他就满可以在拿破仑离开巴黎之前把法国的这个德意志军团各个击破。然而，值得拿破仑庆幸的是其对手奥军是一支结构臃肿，行动迟缓的军队。
拿破仑曾指示贝尔蒂埃把军队集中于莱希河后方，并在多瑙沃尔特设立大本营。贝尔蒂埃直到4月11日才离开斯特拉斯堡，然后才移至奥格斯堡。当其元首不在场时，他可不是那种在危急时刻胜任指挥的人才。4月6日，他接到达武4月3日写的一个报告，说波希米亚境内的奥军已移至多瑙河南岸并正向边界集结。贝尔蒂埃疏忽之中未将此报告转呈拿破仑，结果拿破仑直到奥军越过边界的第二天才惊悉奥军的进攻已经迫近。就此而论，拿破仑本人也并非无咎可引，因为既知奥军正在策划战争，他就应该派出骑兵警戒部队守护边境，以及时掌握敌军动向。拿破仑还曾指示贝尔蒂埃“无论情况如何”也要把达武军集中在雷根斯堡，这也是严重的失误，因为它置达武军于法军左翼的暴露地带，尤其是当他命令其余部队均撤到莱希河后面时更是如此。贝尔蒂埃在离开斯特拉斯堡行军途中曾给达武写了一封奇怪的信，这封信更增加了达武的混乱。他在信中说：
根据实际情况，皇上关于在雷根斯堡集结的计划似乎无法执行，因为圣海赖尔将军的骑兵师很可能已经从那里撤走了。今晚(4月13日)我将到达多瑙沃尔特，因而可听到有关军队态势的消息。我将与乌迪诺将军的军一起进至诺伊堡(在多瑙河上，位于因戈尔施塔特以西十英里处)。如果皇上不能及时赶到，我们现在就应考虑集中军队向敌人开战。如果我们采取行动，它肯定是一场决战。难道我们不能在诺伊马克特和贝尔恩格利之间找一块有利的阵地吗？
贝尔蒂埃在写这封信时，很可能一时精神失常，因为贝尔恩格利位于雷根斯堡以西三十英里，多瑙河以北二十英里，而诺伊马克特甚至更偏北，位于通往尼恩贝格的路上，如果这个计划付诸实施，那么法军沿多瑙河谷的交通线就会被完全切断。
拿破仑后来在概述贝尔蒂埃的能力时说：
他缺乏决断力，根本不宜于当总司令，但却具有一个好参谋长的一切素质。
拿破仑在此关键时刻任命贝尔蒂埃为副总司令，即便只有几天，也已危害了全军的安全。当时，无论是达武还是马塞纳都能胜任掌握全局之责，但拿破仑一贯不愿让一个元帅去指挥另一个元帅，除非此人碰巧是其家族中的一个成员，如缪拉。
在这种忧柔寡断，莫衷一是的混乱中，拿破仑终于动身赶赴前线。他4月13日离开巴黎。两天以后到达斯特拉斯堡，接着向路德维希堡推进。他与符腾堡国王在路德维希堡稍事停留，在此收到贝尔蒂埃于13日签发的军情报告，阅后勃然大怒。16日凌晨他写信给贝尔蒂埃说：
我刚刚收到你的来信，获悉你已将乌迪诺军调往雷根斯堡。你勿须向我解释是什么诱使你采取这一离奇的步骤，因为它已经削弱并分散了我的兵力。……至于命令巴伐利亚军占领兰茨胡特，我认为毫无意义。勒费弗尔元帅将其部队集中于慕尼黑是十分正确的。我不明白你13日晚所写的那封信字里行间的意思，我倒是希望听到我的军队在因戈尔施塔特和奥格斯堡之间集结，并与部署就绪的但泽公爵(勒费弗尔元帅)的巴伐利亚军在防线内互为呼应，直至我们弄清敌人的意图为止的消息。你必须严格执行我的命令，集结兵力，引而不发。也就是说与你现在所做过的正好相反。
拿破仑然后迅速口述命令给马塞纳要他将所率领的那个军和乌迪诺军向奥格斯堡集中，他本人则赶赴多瑙沃尔特，抵达时间是4月17日凌晨4时。
拿破仑到得一分钟也不算早，因为就在当天，锡根堡和阿本斯贝格(位于诺伊施塔特东南)之间的巴伐利亚军的前哨已经遭到了查理大公奥军主力的前卫部队的攻击，这部分奥军当时已渡过伊萨尔河并缓慢地朝西北方的雷根斯堡推进。而部署在那里的达武军本来就面临着多瑙河北岸奥军柯罗华特部右翼的威胁。这样一来，处于这个钳形攻势的钳口之中的达武随时有被奥军粉碎的危险。
拿破仑自十二年前的里沃利战役以来，还从未遇到过如此严峻的军事形势。这主要是他自己的过失，为了应付西班牙的乱局他从这个重要战场抽走了大军团的主力。其近卫军正用马车从比利牛斯山运往莱茵河，现尚在途中，而其骑兵军还尚未集结。在多瑙河战场，达武军和勒费弗尔的巴伐利亚军相距三十五英里，且正受到两倍于他们的一支奥军的进攻。他唯一可动用的预备队是在因戈尔施塔特的南苏蒂的重骑兵师以及正在奥格斯堡集中的乌迪诺和马塞纳的两个军。这两个军共达六万四千人，但由于长途行军均疲惫不堪。
凡是普通的指挥官都会命令全军退至莱希河后方，即拿破仑原定的集结地域。可是拿破仑积极的创造力却立即拟定了一个转败为胜的计划。达武奉命从雷根斯堡慢慢退却并与勒费弗尔的巴伐利亚军在多瑙河以南地形复杂的丘陵地带会合，这两个军应并肩作战，坚守阵地，顶住查理大公的正面进攻。与此同时，乌迪诺和马塞纳则从奥格斯堡东进，强行军抵达弗赖辛和兰茨胡特，以打击正在进攻雷根斯堡的查理大公主力部队的左翼，并切断其交通线。这次“兰茨胡特行动”是拿破仑最卓越的战略构想之一，在拿破仑晚年时，还被他视为他平生最伟大的杰作。与奥斯特里茨会战的计划不同，这是他在千钧一发之际仓促采取的应急措施，它要求部队无论是在行军中还是在战斗中都要最大限度地付出体力。
拿破仑在4月17日上午到达多瑙沃尔特时，其可动用的兵力分布如下：
第三军(达武)：步兵48,600，骑兵8,600，总计57,200，位于雷根斯堡；
第二军(乌迪诺)：步兵16,000，骑兵5,300，总计21,300，位于奥格斯堡；
第四军(马塞纳)：步兵34,800，骑兵2,800，总计37,600，位于接近奥格斯堡；
第七军(勒费弗尔)：步兵22,500，骑兵4,500，总计27,000，位于盖森费尔德与诺伊施塔特一带；
重骑兵师(南苏蒂)：骑兵5,100，位于诺伊堡；
共计：步兵121,900，骑兵26,300，总计148,200；
头一件要做的事是令第三军和第七军会合以避免他们被敌人各个击破。上午1O时，他派其高级副官萨瓦里将军在骑兵护送下到雷根斯堡，传令达武沿多瑙河右岸向诺伊施塔特(位于雷根斯堡西南28英里)撤退，并与勒费弗尔的巴伐利亚军取得联系。勒费弗尔则奉命将所部集中于锡根堡和阿本斯贝格之间以掩护达武撤退。马塞纳奉命会同乌迪诺军一道，于次日拂晓前从奥格斯堡向爱查赫和普法芬霍芬运动。马塞纳部每人应带四天的面包和四天的口粮。拿破仑还派了几名副官去搜集敌军动向的情报，并确定其左翼的位置。当晚，他获悉四个军的奥军己在兰茨胡特和弗赖辛之间渡过了伊萨尔河。
令人遗憾的是，达武直到18日上午才接到拿破仑的命令，而其部队隔了二十四小时后才开始行动。在他穿越多瑙河南岸的山林行进时，他又与奥军霍亨佐伦、罗森贝格和列支敦士登三个军的前卫发生激战。勒费弗尔虽遵命朝东北阿本斯贝格方向转移，但他派去与达武联络的军官却为奥军所俘。
马塞纳以乌迪诺各师为前导，于18日中午到达爱查赫，这时，他又接到了拿破仑的指示，在全面综述形势后，这份冗长的指示写道：
明天(19日)，你们两个军中，凡到达普法芬霍芬的部队部应出动，进攻查理亲王的后尾部队，或弗赖辛和莫斯堡之间的部队。一切迹象表明德意志战事在18、19和20日之间即可告终。……我认为如果乌迪诺军和你的三个师于拂晓前出发，而且如果在此关键时刻你们能有力地指导我所有部队应该如何行动，那么敌人必败无疑。……你们此次行动至关重要，因此我本人可能随同你们一道行进。
信末，拿破仑又附记：积极，主动，迅速！
4月19日，拿破仑将其大本营前移三十七英里至因戈尔施塔特，他原来预料那一天会发生主力会战，但形势发展比他预想的要慢，这部分是由于他下达给达武的命令被耽搁了，部分是由于奥军结构臃肿行动迟缓。查理大公在达武和勒费弗尔防守正面(位于雷根斯堡和锡根堡之间)部署了四个军，且由席勒指挥的另一个军则在伊萨尔河谷构成其左翼。现在法军已与敌军全线接触，马塞纳的前卫，在从普法芬霍芬向弗赖辛推进时，已俘虏了席勒军四百人。中午时分，拿破仑给马塞纳又下达了一道命令：
将乌迪诺军推进到奥和弗赖辛。我将根据今天获得的情报再指挥你们从奥和弗赖辛推进到兰茨胡特。这样，查理大公就会发现其交通线被切断，由于他们有伊萨尔河作屏障，我们将攻击其左翼。……所有这些都必须在今天之内予以解决，时间宝贵，分秒勿失！
4月20日，拿破仑将其大本营又向前推进了十二英里到达多瑙河上的沃堡，距前线不足十英里，战况正在发展。拉纳和贝西埃尔从西班牙赶到了皇帝的大本营。拉纳奉命指挥由达武的两个师临时编成的一支部队，贝西埃尔则奉命指挥马塞纳的前卫骑兵。上午6时，拿破仑给马塞纳又下达了另一份指示：
今天上午收到的所有报告表明敌人正全线溃逃。战场上敌尸横陈，而法军到目前为止仅两个军和一个巴伐利亚师投入战斗。我正要骑马去侦察前哨阵地，如发现敌军仍在某处顽抗，则予以攻击，如发现敌军正在撤退，则予以穷追。我希望你争分夺秒，在伊萨尔河渡口----最好是在兰茨胡特，但至少要在莫斯堡将敌截住。
这是对战局的一种过分乐观的估计，因为战斗还刚刚开始。拿破仑一向过于自信，而且他也总是喜欢用这种盲目自信来激励部下。
迄此法军遭遇的仅是奥军的前卫部队，但到20日黄昏时，奥军右翼已拿下了雷根斯堡，这是因为达武在那里只留了一小支后卫部队。查理大公的主力现正从雷根斯堡起在正南方向宽20英里的正面上展开，但在其北面的四个军和席勒的那个军之间即兰茨胡特西北10英里处却出现了一个缺口。马塞纳率领四个步兵师和两个骑兵师经过艰苦行军终于按拿破仑的命令在弗赖辛和莫斯堡之间完成了集结。
4月21日一整天，查理大公对在雷根斯堡和埃克缪尔(位于雷根斯堡以南16英里处的格罗斯-拉贝河谷)之间的达武和勒费弗尔发起了强大的攻势。在丛林密布的河谷之中，奥军的攻势失去了内聚力，只能零星地逐次投入兵力，而法军和巴伐利亚军，尽管在数量上远居劣势，却不仅守住了阵地，而且还能适时反击，逐退敌军。
拿破仑仍以为伊萨尔河谷是解决问题的关键，所以他将拉纳军和勒费弗尔军的一部分南调兰茨胡特以加强其右翼。到黄昏时分，这支兵力会同马塞纳从莫斯堡开进的兵力终于将席勒军逐出了兰茨胡特。贝西埃尔率两个骑兵师乘胜追击，把奥军一直追到东南的盖森豪森。
拿破仑本人骑马行军二十五英里于4月21日下午7时抵达兰茨胡特。直到这时，他才意识到，把席勒军往南逐过因河恰恰放过了在雷根斯堡地区歼灭查理大公的奥军主力这个主要目标。次日凌晨2时，他收到了达武的报告说他正受到奥军三个军的重压而且缺乏弹药。拿破仑当即决定驰援达武。凌晨三时，他向贝尔蒂埃口授了下述命令：
命令符雷德将军率所属师支援贝西埃尔元帅自盖森豪森出击，将敌一举逐过因河。巴代利亚师则于上午4时出发。
命令利沃里公爵(马塞纳)将其三个师连同火炮和埃斯佩恩的骑兵师调集到兰茨胡特和埃尔哥丁(兰茨胡特东北四英里处)之间。其先头师应沿伊萨尔河左岸成纵队队形，并准备在上午6时出动。利沃里公爵应率其三个师兵力向埃克缪尔开进，并包围敌军。朕将与他一道前进。
同时，他还命令乌迪诺率两师生力军北进以增援达武。随后，他派其副官之一勒布伦将军给达武送去了这样一封信：
现在是凌晨4时，我想立即出发并于中午时分赶到埃克缪尔，以便能在下午3时对敌发起猛烈攻击。我将随带四万人。……我下决心在今天或最迟在明天消灭查理大公的奥军。此信同时致但泽公爵(勒费弗尔)，请传他一阅。
埃克缪尔(这是法军的叫法)是一个小村，位于格罗斯-拉贝河的左岸，在雷根斯堡以南16英里，兰茨胡特以北按道路计25英里。拿破仑从达武的报告中得知查理大公的左翼就在该村，而且在他骑马与马塞纳和拉纳一同带领部队北进时，他可以听到达武抵抗六万六千名奥军进攻的枪炮声。下午2时，拿破仑的先头部队进入格罗斯-拉贝河谷，抵达埃克缪尔并向查理大公的左翼进攻。与此同时，达武和勒费弗尔也向东发起反击。奥军全线均遭卷击，夜幕降临时，奥军朝雷根斯堡的多瑙河大桥溃逃。拉纳率两个骑兵师在月光下乘胜追击，一直追到桥头堡。
法军步兵由于长途行军早已疲惫不堪，因而未能勇猛追击。到次日时，查理大公已将主力撤到了多瑙河左岸(即北岸)，席勒军三万人在兰茨胡特败北后，也撤过了因河并沿多瑙河南岸的维也纳大路退却。查理大公留下一支强大的后卫部队据守雷根斯堡的桥头阵地，然后便向东北朝波希米亚山区退去。
4月23日，拉纳率强击队用云梯攻上雷根斯堡城墙，占领了该城。拿破仑在观看拉纳的壮举时，在一个观察哨被一颗乏弹击穿靴子。创伤疼痛难忍。这是他在土伦战役中被英国海军陆战队的一名士兵刺中大腿以来头一次在战斗中负伤。
拿破仑没有达到其主要目标，即消灭奥军并切断其通往维也纳的退路。然而，继4月20日、21日、22日和23日四天艰苦行军和作战后，他还是取得了实质性的成功，象“阿本斯贝格”、“兰茨胡特”、“埃克缪尔”和“雷根斯堡”这些胜利，后来都分别记录在巴黎凯旋门上。他已将奥军劈为两半，奥军由多瑙河南岸通往维也纳的捷径现在只由席勒指挥的较少的那一半兵力掩护。拿破仑仅伤亡了五千二百人，却使敌军遭到了六千人和十六门火炮的损失。“埃克缪尔之战”不象奥斯特里茨之战那样是事先精心谋划的战略行动，而完全是危急关头临机应变的产物。他的部队当时已被敌人冲散且毫无准备，这是由于贝尔蒂埃未能实现集中造成的，当然他本人对此也负有不可推卸的责任。但是，在这种极为不利的情况下，他反应迅速，行动坚定，不仅扭转了形势而且转败为胜，这正是其杰出的军事天才的一个鲜明例证。
拿破仑迅速地重新组织力量向维也纳进军，因为他急于抢在查理大公之前赶到那里。多瑙河南岸的主要道路在奥地利边境帕绍要塞处穿越因河，再往东去六十英里便在林茨以南较易防守的艾贝尔斯贝格大桥越过特劳恩河。从艾贝尔斯贝格过去，维也纳仅一百一十英里之遥，中途几乎没有天然障碍需要跨越。马塞纳奉命指挥前卫，对席勒军穷追猛打，拉纳随后跟进，达武则奉命在帕绍守卫交通线直至贝尔纳多特率萨克森军从南面的德累斯顿前来接替。勒费弗尔奉命向南经库夫施泰因隘道至因斯布鲁克以充当右侧卫，并镇压在蒂罗尔出现的任何反抗。欧仁亲王在威尼西亚正与约翰大公指挥的一个奥地利军交战。
马塞纳4月27日于帕绍强渡因河时没有遇到任何困难。但5月2日他在艾贝尔斯贝格强渡特劳恩河时，却遭到席勒后卫的顽强抵抗。该河在此流经一狭窄的峡谷，峡谷之上有一座长二百码的木桥。奥军密集的炮火可以纵射该桥。拿破仑曾命令马塞纳不惜一切代价向前推进，而这位元帅也几乎不折不扣地照命令行事，结果导致一场血战。在这场血战中，法军伤亡五千人，而奥军伤亡则在六千人以上，后者还被迫放弃了阵地。拿破仑在战斗结束之前赶到了战场，但他并没有试图用拉纳军迂回敌人侧翼。在匆忙之时，他对于战斗导致的伤亡一向不屑一顾，更何况此刻他急于抢在查理大公之前到达维也纳。
席勒在艾贝斯贝格阻滞马塞纳之后在茅特豪森渡过了多瑙河，并在维也纳以北与查理大公的军队会合。马塞纳继续前进，沿途几乎没有遇到抵抗。他于5月7日抵达阿姆施特滕，6月11日占领维也纳西郊。奥军守卫部队，在二十六岁的马克西米连大公的指挥下在内城进行了一番象征性的抵抗。拿破仑在市中心西南三英里的肖恩布鲁恩宫建立了大本营，5月12日下令炮轰内城。经过四小时的炮击，这个奥地利首都便投降了，法军遂于5月13日上午正式占领了该城，正好是在奥军入侵巴伐利亚一月之后。这是拿破仑在四年之内第二次占领奥地利首都。他向三十万居民发布告示说：
对良民我将提供特别保护，但对于骚乱不法分子我将严惩不贷。
拿破仑此时才发现自己对于敌军的行踪茫然无知，而且更使他恼火的是其参谋机构对他正与之作战的这个国家也未提供任何情报。他在写信给巴黎的陆军大臣克拉尔克将军的信中，愤慨地说：
你竟然未曾向我提供丝毫关于尼科尔斯堡和奥斯特里茨地区及维也纳附近的地图或地形报告，对此我极为不满。在我现有的地形资料中怎么也找不到我曾亲自命令你们搜集的那些情报。你只给我送来了一些有关因河的侦察报告，可这些东西对我早已无用了。你们按某些荒谬的规定只给我送正式抄本，而正式抄本费时费事，那些地图也未及时送达，不掌握关键性的情报，我只能受人摆布，……作战部门如果不能给指挥官们提供作成所必需的侦察报告，要它还有何用？马上传达我的命令在二十四小时内把有关摩拉维亚、波希米亚、匈牙利和奥地利的所有地图，计划，侦察报告和各种记录的原件都给我送来，我不要抄件。
拿破仑一向厌恶繁文缛节和办事拖拉。
在奥皇逃往波希米亚以及查理大公的军队也在多瑙河北岸销声匿迹之后，拿破仑现在的问题是促成第二次奥斯特里茨会战，一劳永逸地粉碎奥地利的军事力量。其第一步便是要在黑森林和巴伐利亚阿尔卑斯山区冰雪消融，河水泛滥之际，把全军送过多瑙河，然而此时奥军已破坏了河上的一切桥梁。5月11日，贝尔蒂埃给炮兵司令桑给斯(3)发出了下述指示：
将军，皇帝的意图是明天或后天在多瑙河上架桥。因此，您务必通知舟桥部队尽一切可能搜集船只，绳缆和锚链。皇上希望将桥架在普雷斯堡(今捷克的布拉迪斯拉法)和维也纳之间。据信，多瑙河在菲什恰门德处(维也纳下游十八英里)是无岛屿的单水道。因此，您要派一名军官到该地去现场勘察或其它您认为适当的地方勘察。您派遣的军官应向利沃里公爵(马塞纳)报告，公爵的司令部设在通往普雷斯堡公路上的锡默林。所派军官可以请求派一支强大的骑兵护卫队掩护其侦察行动。
拿破仑指派马塞纳负责整个架桥行动。
但是，在洪水泛滥期试图将全军都送过多瑙河以追歼十万行踪不明的敌军，拿破仑此举的确是人们可以想见的最危险的军事行动。他一向是个大胆的赌徒，迄今为止在孤注一掷的战争赌博中他还一直是个赢家。在与博利厄、柯里、维尔姆泽、阿尔文齐、梅拉斯和麦克等一连串奥军将领较量时，他都大事讹诈，以求一逞。而现在他又只带十万人过河去追歼查理大公。
多瑙河在维也纳和普雷斯堡之间这段长四十英里的河道，在洪水泛滥的春季特别容易成为一种十分可怕的军事障碍。上一个世纪时，它还不断得到普遍的防护疏浚，但到1809年时，这段河道却变得蜿蜒曲折并被大小岛屿分割成无数条航道。虽然航道多就要额外多架设些桥梁，但作为补偿每座桥的长度和河水的流速也相应减下来了。拿破仑在接到侦察报告后决定将桥址选在凯泽埃伯斯多夫村对面，该村位于多瑙河右岸(即南岸)，维也纳下游六英里处。多瑙河在此被一个地势低洼的江心岛洛鲍分成两大航道。主航道(即南边航道)宽720码，当中有一个沙质小岛可为架桥作业提供便利。洛鲍岛有三英里长，二英里宽，这就为大部队集结提供了充裕的场地。此外，还有一条宽仅140码的侧航道，其流速比主航道慢得多。
马塞纳的炮兵和工兵开始争分夺秒地进行架桥作业。他们从维也纳弄来木料，绳缆和船只，很快就把一座浮桥从多瑙河右岸架到了洛鲍岛。由于缺乏浮舟、锚链，他们便将炮弹箱系在缆索上沉入河中。主航道上的第一座浮桥于5月19日建成。拿破仑也于当天下午到达凯泽埃伯斯多夫。2O日拂晓，马塞纳四个师中的第一批一个师过桥抵达该岛。随后过桥的是四个轻骑兵师和马塞纳的另一个步兵师。在另一条侧航道上，法军用虏获的奥军浮船也架起了浮桥。马塞纳进而占领了离多瑙河左岸(即北岸)两英里的两个内陆村庄阿斯佩恩和艾斯林。
至此，法军仅遭到奥军警戒部队的轻微抵抗。其实，这正是查理大公设的圈套。查理大公已将军队集中在多瑙河北岸的平原上，而将右翼置于河边的阿斯佩恩村。他的企图是先让法军渡向北岸，然后乘其半渡之际，将他们一举赶下水去。他的陷井布置得很好，法军果然中计。
5月21日拂晓，马塞纳的四个师和拉萨尔的两个骑兵师已在对岸艾斯林和阿斯佩恩之间展开，拿破仑本人也从洛鲍岛过了河。下午约近2时，查理大公发起进攻，把法军赶出了阿斯佩恩。拉萨尔的骑兵进行反击，整个下午双方都为这两个村庄而展开了激烈的争夺。随之，拿破仑的军事行动遭到自然灾害的打击。由于洪水骤至，河面陡涨四英尺，把主桥的一些锚链扯断，浮舟被洪水卷走。孤立在对岸的三万法军既得不到生力军增援又得不到弹药补充。而奥军在查理大公的亲自率领下仍在不停顿地进攻。法军经过拼死努力一直到午夜才将舟桥修复。
拿破仑并未被这一灾难吓倒，他决定次日继续争夺。他命令贝西埃尔指挥全部骑兵，并以拉纳军和近卫军增援桥头阵地。拿破仑还差人去召唤达武军，该军当时正在监视维也纳上游的多瑙河渡口。但不等达武军到来，灾难又接踵而至。奥军从上游放下了满载着石头和熊熊燃烧的木材的火船，火船直冲主桥，将主桥再次毁坏。左岸的部队此时已完全精疲力竭而且弹药也快耗尽。22日下午2时，拿破仑命令左岸的部队全部撤到岛上，由马塞纳担任后卫部队的指挥。撤退一直到夜幕降临还在进行，就在这次撤退中，拉纳受致命伤。
下午7时，拿破仑在岛上与元帅们举行了一次军事会议。贝尔蒂埃主张放弃进攻，但拿破仑却决定在洛鲍岛上掘壕据守以待水势减退后用新增援的部队再作一次进攻尝试。至此，交战双方都损失惨重：法军伤亡更大一些，它被迫丢弃了大部分伤员，损失人数己逾四万四千人；奥军伤亡共二万三千人。这是拿破仑平生所曾遭受过的第一次真正的失败，此外他还失去了一个最英勇善战的元帅。
不过，他仍占据着他称之为“拿破仑岛”的洛鲍岛，作为他第二次进攻的起跳板。他把马塞纳军留下据守该岛并积极准备进行更大规模的渡河作战。他将自己的大本营撤至埃伯斯多夫，而让人在岛上修建了一座以树林作掩蔽的高高的了望塔，这样他就可以由此观察到河岸。在马塞纳的陪同下，他对该段河川作了一次彻底的侦察，为了不致引起奥军前哨的注意，两人还特意扮成士官模样，经过这番侦察，他决定在上次架设浮桥的地方从岛的北端向艾斯林和阿斯佩恩实施佯渡以迷惑敌人，而将实际渡河点选定在洛鲍以东的一个小岛上(他称之亚历山大岛)，该岛位于下游，离原渡河点约三英里。从该岛，他将把在上游准备好的浮桥于渡河的前夜架至左航道对岸。同时，在右航道对着埃伯斯多夫以粗大的木料架设一座有三排桥桩的木桥。由于主航道那一段深达25英尺，所以打桩颇费功夫。为了保护该桥，特意在上游修建了一座坚固的水栅。
在为渡河作了这些周密的准备之后，拿破仑遂将大本营迁至肖恩布鲁恩宫，并着手整编军队。在战斗中遭受重创的各军由于获得了来自法国本土的增援又都恢复了元气。欧仁王子率意大利军团在把约翰大公的奥军逐入匈牙利后，已奉召赶到维也纳，同时马尔蒙军也从达尔马提亚被召了回来。由于拉纳在5月31日因重伤身亡，乌迪诺奉命接任第二军军长。在获得这些部队的补充增援之后，拿破仑到7月4日的预定渡河日时已成功地集结了一支拥有25个步兵师，10个骑兵师和544门大炮的打击力量。其编成如下：
近卫军(瓦尔特)：11,000；
第四军(马塞纳)：30,000；
第二军(乌迪诺)：24,000；
第三军(达武)：35,000；
第九军(贝尔纳多特)：18,000；
欧仁王子所率部队：31,000；
马尔蒙军：10,000；
骑兵军(贝西埃尔)：9,000；
巴伐利亚师(符雷德)：7,000；
共计：175,000；
此外，他还有勒费弗尔的第七军和旺达姆的第八军作侧卫，驻守维也纳和保卫交通线。
整个六月份拿破仑都极为密切地关注着为其伟大的军事行动所作的一切准备工作。6月13日，他给工兵主任贝特朗将军写信说：
在召见了那位主持岛上工作的军官时，我发现他是一个可怜的家伙，他既无这些岛屿的地图又无平面图。他之所以令人同情是因为每个步兵军官都有地图。看来工兵勤务执行得并不好。负责维也纳城郊防御工程的工兵上校应该备有所有这些岛屿的平面图，应该通过勘察不断修订。应该尾随敌人运动，每天报告，在拂晓时还要对每个要点抵近侦察。但是你的工兵军官却不是这样，他们什么都没看，也什么都没做。
他对马尔蒙军从达尔马提亚经卢布尔雅那和格拉茨慢吞吞地开往维也纳与他会合也十分生气。他于6月28日给马尔蒙写信说：
你直到27日还未到达格拉茨，你犯下一个将军可能犯的最大的军事错误。你本应于23日子夜抵达那里。……你拥有我军最精锐的部队，我要你来此参战，而你却迟到数天之久。与你现有状况相比，战争似乎要求具有更大的主动性和机动性。
6月3O日傍晚，拿破仑用马塞纳军的一个师在阿斯佩恩以南的旧桥址发动佯攻。令拿破仑惊诧的奥军实际上未作抵抗，结果马塞纳得以将奥军前哨逐回阿斯佩恩并架起了一座架柱桥。事实上，这正是在按查理大公的作战计划行事。查理大公已将其十三万人和四百门炮的兵力部署了一个长12英里凹入的半圆形阵地。其右翼以多瑙河畔的阿斯佩恩为依托，由三个军组成，据守布雷滕利-聚森布仑-亚德克拉-多伊茨-瓦格拉姆一线；其左翼也由三个军构成，从多伊茨-瓦格拉姆沿鲁斯巴赫河左岸一直延伸到马尔格拉夫-新锡德尔。查理大公想把拿破仑全军都诱入这个圈套之内。为此，他还命令其弟约翰大公在普雷斯堡的那个军(有14,000人，相距有三天的行程)向西移动，封闭马尔格拉夫-新锡德尔以南的缺口，从而对法军完成合围之势。这的确是一个深思熟虑的作战方案，而且在阿斯佩恩-艾斯林业已证明是成功的。
拿破仑对查理大公的作战计划和兵力部署一无所知，他自恃兵力强大，认为只要渡过多瑙河即可轻易取胜。7月2日，他发布了渡河作战令。7月4日黄昏，两营轻步兵在炮火掩护下(左岸奥军炮火被压制)乘筏子从亚历山大岛出发渡过了左航道。在米尔勒腾和格罗斯恩泽斯多夫之间一个名为汉斯格兰德的低洼浅滩建立了桥头堡，尔后将浮桥架过对岸并予以紧固。全军渡河作战分为三波：
第一波(从右至左)：达武，乌迪诺，马塞纳。
第二波(从右至左)：欧仁王子，近卫军，贝尔纳多特，马尔蒙和符雷德(巴伐利亚军)。
第三波：贝西埃尔所率骑兵预备队。
雷尼埃将军率一个师步兵和113门火炮留守洛鲍岛，以便万一失利可掩护退却。全军从桥头阵地依照上述战斗列展开并以马塞纳在阿斯佩恩的左翼侧为枢轴向北迂回。
这个精心拟定的计划取得了完全成功。7月4日晚，风雨交加，电闪雷鸣，暴风雨分散了奥军的注意力，加上查理大公的主力在北边七英里远的地方守候他们，所以法军渡河时没有遇到任何抵抗。法军过河后即击退了奥军前卫按预定计划向左实施大规模的迂回运动。这是参谋作业的一个巨大成就，因为它仅在一夜之间就把十五万大军连同其战马，火炮和弹药送过了欧洲最大的一条河流。不过，拿破仑还是责备了贝尔蒂埃，因为他下达的行军表不准确，致使达武军本该由右边桥梁通过却走了中间一座桥梁，这就使部队的展开延误了数小时。
在维也纳和普雷斯堡之间的多瑙河北岸绵亘着一块东西长四十英里，南北长二十英里名为马尔赫费尔德的肥沃平原，其北部与摩拉维亚山地相连。马尔赫河和多瑙河左岸一些支流从平原流过给以灌溉之利。在这些较大的支流中，有一条叫鲁斯巴赫。查理大公的左翼部队已沿该河左岸在多伊茨-瓦格拉姆和马尔格拉夫-新锡德尔之间长约四英里的地段掘壕据守，该翼包括罗森贝格、霍亨佐伦和贝尔加德三个军。查理大公的右翼在多伊茨-瓦格拉姆处与其左翼结合，该翼先向西，逐渐折往西南，经阿德克拉村、苏森布伦村、布雷滕利村至阿斯佩恩村，构成一条长八英里以多瑙河为依托的弧形防线。这一翼由克里劳军、柯罗华特军和列支敦士登亲王的部队据守。克里劳是一天前刚接替席勒任军长的。
头天夜里，雷电大作，骤雨倾盆，但到7月5日拂晓时，天却开始放晴并转热了。法军在下午3时完成了扇形接敌运动并抵近奥军布防的四面弧形阵地。但查理大公此时却不急于交战，因为其参战各军尚未完全展开，其弟约翰也相距甚远，约翰如到达即可构成合围。本来查理大公如果在拂晓时乘法军半渡之际发起攻击，他可能已将法军彻底歼灭。
马塞纳军的四个师在阿斯佩恩和阿德克拉之间构成整个法军的左翼，从一开始他就与克里劳军在阿斯佩恩附近展开了激战。拿破仑直到下午6时才将其近卫军和重骑兵预备队集中到拉斯多夫附近其中心点的后方(位于多伊茨-瓦格拉姆以南4英里)。经过阵前侦察，他决定攻击奥军在水深流浊的鲁斯巴赫河一线的左段。这次攻击是由达武和乌迪诺从正面发起的，但到处受挫，伤亡惨重。一些指挥官由于很晚才接到命令，因此他们的进攻都是零星发起的，而奥军则猛烈反击。结果不但没有攻下任何敌军阵地，位于中部的贝尔纳多特所指挥的萨克森军反而被逐出了阿德克拉村，狼狈而回。由于夜幕降临，拿破仑命令停止战斗，打算次日继续进攻。
岂料7月6日清晨，查理大公竟率先发动进攻，这不禁使拿破仑大吃一惊。马塞纳的四个师在阿德克拉和阿斯佩恩之间长达7英里的正面上，被迫抵御奥军主力克里劳军和柯罗华特军的冲击。其右边的萨克森军再次被击溃，而其左边的布尔代师则被逐出阿斯佩恩村，其火炮也损失殆尽。形势看起来十分危急，因为，如果奥军沿多瑙河岸推进，法军就会被切断退路。面临着这种危险，拿破仑只有两种选择：要么将其预备队也调过河来支援其受威胁的左翼；要么对奥军的中路和左翼实施反击。前一种方案困难在于距离太长，调动复杂，拿破仑遂决定打击瓦格拉姆，因为这是奥军左右翼的接合部和中心要点。与此同时，他还可以用右翼部队席卷鲁斯巴赫敌军全线。
拿破仑要马塞纳不惜一切代价守住左翼，然后命令洛里斯托纳和德鲁奥把近卫军的六十门火炮投入战斗，集中炮轰瓦格拉姆和阿德克拉之间的奥军中心。经过长时间，大规模的炮击之后，贝西埃尔率领重骑兵师向业已动摇的奥军步兵冲去。接着，麦克唐纳所率欧仁的二十营步兵以及随后跟进的马尔蒙和符雷德的部队相继突破了奥军中部。同时，右翼的达武在马尔格拉夫-新锡德尔以南渡过鲁斯巴赫河，席卷整个奥军左翼之后也向瓦尔格拉姆合围。战斗异常激烈，奥军的抵抗十分英勇。但是，当查理大公在下午4时获悉其弟约翰的部队离战场还有10英里远时，他这才意识到其围歼法军的计划已告失败，同时感到即使把这场屠杀继续下去也于事无补，遂命令部队脱离战斗向北撤入摩拉维亚山区。
奥军的撤退井然有序，仅丢下重伤员和一些被打坏的火炮。法军精疲力竭无力追击，拿破仑已经把所有预备队都用光了。在近程炮战中双方都投入了四百门以上的大炮，因此伤亡惨重。法军伤亡可能高达三万余人，奥军也可能有二万六千人。对于拿破仑而言，瓦格拉姆之战虽不象弗里德兰之战和奥斯特里茨之战那样可称之为压倒性的胜利，但结果证明它同样是决定性的。查理大公的军队在夜间以数路纵队向北撤退。法军于次日才不紧不慢地追击。7月10日，马塞纳在兹诺伊莫追上奥军后卫，两军交手，马塞纳取胜。此后，奥皇感到自己的军队不能再承受更大损失，遂于11日派列支敦士登亲王向拿破仑请求休战，拿破仑欣然同意。他远离法国本土，况且从西班牙传来的消息也不容乐观。战争行动虽已告终，但经过了三个月的艰苦谈判，双方才于10月14日在肖恩布鲁恩宫最后签订了和平条约。
瓦格拉姆之战后，拿破仑把失宠的贝尔纳多特遣送回国，他对这位元帅指挥萨克森军不力甚为不满。麦克唐纳、马尔蒙和乌迪诺则分别授予元帅衔，达武晋封为埃克缪尔亲王，马塞纳晋封为艾斯林亲王。
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