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奥俄联军在奥斯特里茨战败之后，欧洲大陆暂时沉寂下来，进入一个不稳定的和平期。在上次战役中，拿破仑之所以急于使普鲁士保持中立，是因为十五万普鲁土大军一旦加入奥俄联军的行列，势必使他面临一种十分严峻的局面。贝尔纳多特进军多瑙河期间，未经允许即穿越了普鲁士的安斯巴赫公国，曾使普鲁士当局甚为愤慨，几乎导致普鲁士参战，仅由于拿破仑贿以汉诺威才勉强无事。当然，假拿破仑之手将汉诺威割让给普鲁士是不合法的，但这一割让已为普法条约所确认，该条约是奥斯特里茨之战结束后十四天，拿破仑与豪格维茨伯爵在肖恩布鲁恩宫签订的。不过该条约在两个月后又修改得对法国有利了。懦弱无能的普鲁士国王弗里德里希·威廉三世在柏林受主战派的支配，而主战派的后台是路易莎王后。由于拿破仑要求把安斯巴赫交给巴伐利亚作为割让汉诺威的补偿，这就进一步加剧了柏林的反法情绪。
至于法英关系，自皮特首相于1806年1月23日逝世，辉格党政府随即于二月份建立以来，紧张关系略有缓和，但和平谈判仍毫无结果，因为荷兰、西西里和海外殖民地等问题证明是难以解决的。6月，拿破仑之弟路易登上荷兰国王宝座使问题变得更为复杂。
普莱斯堡条约在南德意志制造了一连串的法国卫星国：巴伐利亚和符腾堡已经变成了两个王国，其领土的扩大是以牺牲奥地利的利益为代价的。巴登和黑森-达门斯泰特总督也被拿破仑封为大公。拿破仑还要求巴伐利亚国王把一个女儿嫁给他的继子欧仁·博阿尔内为妻。7月，这些莱茵河及其西部地区的德意志小国，未与普鲁士商议，就组成了一个依附于拿破仑的莱茵邦联，拿破仑的妹夫，缪拉元帅也被封为贝格和克累弗大公，这样他就控制了莱茵河在韦瑟尔的重要桥头堡。指向德意志的这些政治屏障不断得到依旧存在的压倒性的军事力量的支援。
拿破仑的十九万二千人的大军团非但没有复员，反而继续作为军事力量驻扎在整个德意志西南部靠当地供养。法军的存在当然只会引起反感。贝尔纳多特的第一军占领着安斯巴赫，达武的第三军和拉纳的第五军驻扎在苏阿比亚，苏尔特的第四军和内伊的第六军在巴伐利亚，而奥热罗的第七军则在法兰克福。马尔蒙的第二军已被派去征服达尔马提亚，而马塞纳在拿破仑之兄约瑟夫的麾下，正在蹂躏那不勒斯王国。
拿破仑由于要在巴黎集中精力从事其政治和王朝的设计，便把大军团的指挥权交给正在慕尼黑的贝尔蒂埃代管。不过，他却要贝尔蒂埃完全明白他自己只不过是一个临时代理人而己。2月14日，贝尔蒂埃接到了拿破仑下的一道十分唐突的指示：
严格信守我下达给你的指示，并不折不扣地予以执行。所有人员都要随时待命，严守岗位，只有我知道该如何行动。
奥斯特里茨大捷之后，这位皇帝更是深信自己一贯正确了。
1806年的整个夏季，拿破仑所采取的军事预防措施和他按战时编制维持大军团的做法都只是为了防止奥地利东山再起并对维也纳朝庭起威慑作用。当时，他还正在与洛德代尔勋爵和亚尔默思勋爵率领的英国代表团讨论和平条款，所以无论如何他无意桃起普鲁士人的敌意。7月间，缪拉亲王毫无策略头脑地把韦尔顿的普鲁士驻军赶出了他新近获得的大公国。8月2日，拿破仑写信严历地斥责了他的妹夫：
你所作的用武力把普鲁士人从他们现在所占领的地方赶走的决定真是愚不可及。你这样做就侮辱了普鲁士，并且完全违背了我的意图。我目前与该国的关系尚可，而且正打算停止与英国人谈判以便为普鲁士保住汉诺威。我不想用这类愚蠢的行为得罪她，我要和她保持良好的关系。你的任务是应尽量和普鲁士人亲善。
当天，他指示塔列朗与普鲁士政府接触以平息这一事件。
但是，在与伦敦的辉格党政府谈判时，拿破仑又空前狡诈地提出将汉诺威归还给英国，尽管在此以前，他已将该地割让给了普鲁士。这种口是心非，两面三刀的做法在7月底传到普鲁士政府的耳朵里，于是双方就势在必战了。
奇怪的是，拿破仑似乎并不知道他的扩张政策在普鲁士已日益引起敌意。这种敌意的产生有两个来源：其一是普鲁士军官团浸透了腓特烈大帝的军事传统，一贯好战；其二是自从以维也纳为基础的旧日耳曼帝国瓦解之后，突然高涨的爱国热情开始在柏林产生聚合作用。普鲁士军队一向以自己在七年战争中曾战胜过奥军和法军而自豪，对于法国革命军队所发展的那套灵活机动的战术，他们一无所知。普鲁士军官死守腓特烈教条，拘泥于刻板的队形，缓慢的调动和有秩序的排枪射击，因为，半世纪前这种战法证明是十分有效的。他们对法军那宽松的散兵线和比较松弛的射击纪律极为蔑视。普军各战斗部队的机动性还受其补给系统和辎重纵队的拖累，没有这套保障，他们就寸步难行。
在柏林，反法情绪日益高涨，以致到了弗里德里希·威廉三世在8月9日被迫宣布总动员的程度，不过，他并未立即集结部队。8月25日，他召集了一个军事会议，会议决定成立两个军团，分别由不伦瑞克公爵和霍恩洛厄亲王指挥，另有一个独立军由吕歇尔将军指挥，总司令由七十一岁的不伦瑞克公爵(1735-1806，普鲁士元帅，七年战争中战功卓著)担任。
次月，普军及其盟友萨克森的军队从容不迫地向南运动，9月底时，他们已在靠近普鲁士南部边境的一条七十英里长的防线上集结完毕，全军分成三个集团：
右：吕歇尔军(三个师)，二万五千人，艾森纳赫；
中：不伦瑞克军团(六个师)，五万八千人，哥达-埃尔富尔；
左：霍恩洛厄军团(五个师)，四万七千人，耶拿-萨尔费尔德；
共计：十三万人。
霍恩洛厄(二万名萨克森的军队也在他的指挥之下)已将陶恩青军推进到施勒兹和霍夫，以保护其左侧翼。普军的全部集结都是在丛林密布的图林根山林和弗兰肯山林的遮掩下进行的。那道长八十英里，高达千米的山峦构成了北边的易北河盆地与南边的美因河左侧支流之间的分水岭。图林根山是埃尔茨山脉向西的延伸部分，它将萨克森和波西米亚分隔开来。
拿破仑根本没有料到普鲁士会有任何敌对行动。8月中旬，他还在考虑把大军团的大部分从德意志撤走的问题。7月2O日，俄国代表已在巴黎与法国签订了一个和平条约。8月6日，他写信给正在布劳瑙密切注视奥军的苏尔特说：
对俄和约以及我与英国人正在进行的谈判都使我深信一切都会很快地平静下来，而目前所进行的这些军事行动必将继之以持久的和平。
8月17日，他写信给贝尔蒂埃说：
我们应该认真考虑调回大军团的问题，因为在我看来，有关德意志的疑虑已经完全澄清。你也许会宣布大军团即将行动，但实际上，在我得知对俄和约批准之前，我是无意把布劳瑙交还给奥地利人的。此时，应停止一切战争准备，不要再让部队渡过莱茵河，所有人员都要作好返回法国的准备。
但是，9月3日，拿破仑获悉沙皇8月24日已拒绝批准7月20日签订的条约，所以，他又打消了准备让军队退回法国的念头。不过，次日，他又给他的两个军长内伊和达武批了三周的假，因为他俩的夫人都快临产了。贝尔蒂埃也被告之可以返回巴黎休假。
9月5日，拿破仑收到了普军正向其南部边界移动的情报，于是立即征召1806年度的五万新兵和三万后备军。当天，他写信给贝尔蒂埃说：
欧洲事态的新变化迫使我认真地考虑我军的处境。
他指示贝尔蒂埃派工兵军官去侦察班贝格至柏林的道路，并要求大军团各军作好准备在八天之内在班贝格-拜罗伊特地区集结。
我的意图是，八天之内，所有各军都应在克罗纳赫以远集结。我估计从班贝格边界的集结地到柏林大约有十天的行程。……我想知道萨勒河和埃尔斯持河在格拉的情况。……易北河在维滕贝格处的渡口情况又怎样？德累斯顿、托尔高和马格德堡等镇的设防情况如何？将在慕尼黑和德累斯顿所能弄到的最好的地图都收集起来。派情报官去德累斯顿和柏林弄清普军此次调动和集结的真实意图。你在搜集情报时务必非常慎重，因为我尚无意与柏林为敌；我之所以要这方面的详细情报，主要是以防不测。我以为马格德堡是班贝格与柏林之间的唯一要塞。
不出一周，他就了解到普军意在一战，他在9月19日写信给贝尔蒂埃说：
普军的行动依然十分奇怪。是得教训教训他们。明天我就把我的马先送走。近日内即命近卫军出发。如果情报证实普军的确发疯了，我将直接前往维尔茨堡或班贝格。
他命令其御厩总管科兰古将其八匹马和所有的望远镜都先送走，但对外却扬言他不过是去贡比涅打猎而已。
9月19日，拿破仑命大军团在10月的第一周内完成初步集结，其序列如下：
第一军，贝尔纳多特，二万五千人，班贝格；
第三军，达武，三万三千人，班贝格；
第四军，苏尔特，三万五千人，安贝格；
第五军，拉纳，二万三千人，柯尼学芬；
第六军，内伊，二万一千人，安斯巴赫；
第七军，奥热罗，一万六千人，法兰克福；
第八军，莫蒂埃，一万五千人，美因茨；
骑兵军，缪拉，二万人，维尔茨堡；
近卫军，勒费弗尔、贝西埃尔，一万二千人，美因茨；
巴伐利亚军，符雷德，八千人，纽伦堡；
共计：二十万八千人。
拿破仑以往还从未集结过如此巨大的兵力。此外，其弟荷兰国王路易还有一个约一万五千人的荷兰援军据守着韦瑟尔的莱茵渡口。皇帝的大本营设在班贝格。其交通线为斯特拉斯堡-曼海姆-美因茨-维尔茨堡-班贝格，而前进补给基地则设在福希海姆和维尔茨堡。整个战略集中由缪拉掩护，他的六个骑兵师部署在克罗纳赫-科堡-柯尼学芬一线，正对着图林根山林的各个出口。为了恫吓其右后方因河后边的奥军，拿破仑在布劳瑙要塞留下了一支法国驻军，这支驻军还可望得到南德意志一个巴伐利亚军(一万五千人)的支援。
尽管对敌方未来的作战计划一无所知，拿破仑由于初步集结了大军团，因而作好了应付一切不测事变的准备。如果普军向西南进军，威胁他通往莱茵河谷的交通线，他可以优势兵力打击其左侧翼。反之，如果普军企图入侵巴伐利亚以求与奥军会合，他同样可以打击其右侧翼并将其逐入波希米亚。为了保护通往莱茵河的交通线，并充当总预备队，拿破仑又组建了第八军，含两个师，由莫蒂埃元帅指挥，驻扎在法兰克福。不过，在拿破仑的内心里，不管敌人的打算如何，他都要实现他的伟大战略计划，即闪击萨勒河谷和埃尔斯特河谷，包抄普军和萨克森军的左侧翼，从而切断他们与柏林和德累斯顿的交通线。一俟大军团于十月的第一周在图林根山林以南地区集结完毕，这个战略计划就立即付诸实施。
拿破仑在离开巴黎赶赴前线之前的那一周特别忙碌。他实际上是他自己的参谋长，他亲自为大军团拟订一切调动和集结命令。贝尔蒂埃只不过是确保这些命令到达指定地点的一个邮局而已。例如，9月19日上午，他费了两个小时向克拉克将军口述作战命令，但要求他注意的还有财政、行政和政治等方面的许多事情，他给在那不勒斯的哥哥约瑟夫和在荷兰的弟弟路易以及在意大利的继子欧仁都下达了指示，他指责海军部长德克雷给海军发错了命令，他命令达武和内伊中止休假并在9月28日以前赶回各自的部队，为了改善布伦、基伯龙湾和安特卫普的海防，他还作了详细指示。这位皇帝甚至抽空给符腾堡国王写了一封信，要求他把女儿卡塔琳娜嫁给其最小的弟弟热罗姆，尽管热罗姆早已娶了一位美国小姐，而且还生了一个儿子。9月20日，在研究大军团送来的兵力统计表时，他发现贝尔蒂埃居然忘记组建舟桥中队，不禁非常生气，他愤怒地问道：“没有架桥设备，叫我怎样渡过易北河？”次日，他还接见了一位一百零二岁高龄的老兵，并赏给了他二千四百法朗。
9月20日，拿破仑召见了第六军军部的一位瑞士籍的青年参谋军官安东-亨利·约米尼少校，此人作为一名研究军事史和战术的作家，当时已颇有名气。从此，年仅二十七岁的约米尼调进了皇帝的私人参谋班子，但令人遗憾的是，他却未能赢得贝尔蒂埃的赏识。
所有这些急务，无分巨细，拿破仑都事必躬亲。9月25日他离开巴黎，并于三天后到达美因茨，10月2日，又进抵维尔茨堡，10月6日，到达班贝格亲自接管了大军团的指挥权。
拿破仑对于敌人的行动、实力和意图仍不很清楚，他仅知道萨克森已和普鲁士结盟，所以他不得不对付他们的联合力量。他早已指示贝尔蒂埃派遣工兵军官去侦察穿过图林根山林前往普鲁士和萨克森的道路，而且他还拨给其军长们大笔经费用于搜集秘密情报，尽管在此以前他们所弄到的情报还是相当混乱的。9月29日，他从美因茨写信给贝尔蒂埃说：
命令贝尔纳多特元帅进抵克罗纳赫并占领萨克森丘陵地区的出口，然后留在边界上，但要占领有利阵地以掩护进入萨克森的渡口，并侦察通往莱比锡和德累斯顿的道路。贝尔纳多特元帅必须秘密地进行侦察和行动，以便截断由艾尔福特通往霍夫的道路。……由于尚未宣战，所以我们的言语必须是和平的，不得流露任何敌意。
当天，他给缪拉也去了一封信：
你应派谍报人员去富尔达。必要时，你可以在某个地点越过边界，以占领有利阵地掩护进入萨克森的渡口。还应派工兵军官前往柯尼学芬和富尔达去仔细地踏勘那里的道路。
次日，他又写信给贝尔蒂埃说：
在迈林根和诺伊施塔特直至巴伐利亚边境的丘陵地带必须有我们的骑兵分队，以便时机到来时可用以掩护我方的行动。我的意图是在大批敌军占领萨尔费尔德之前抢先到达到那里。派一名工兵军官去侦察远至赫尔德堡和分水岭一带的巴伐利亚边境，我想那个地方已经过了柯堡。另外再派一名工兵军官去侦察迈林根和梅尔里赫斯塔德之间的分水岭。……我等待着这些侦察的结果，因为它们太重要了。
这个新战区对法军来说是很不熟悉的，所以拿破仑坚持在尚未发动进攻之前，要尽量搜集有关地形的一切情报。10月1日，他写信给贝尔蒂埃说：
我希望你把执行过道路侦察任务的工兵军官留在维尔茨堡，因为我要就地形的性质问题亲自询问他们。……务必在班贝格建一所能为八万人提供四天的口粮的面包房。班贝格是全军一切重大行动的中心。我希望在10月10日之前能够开战，如果我们被迫诉诸武力的话。
10月3日，拿破仑一到维尔茨堡就召见了那些军官，他们握有极为有趣而又极为准确的情报。其中有一位布莱恩上校真是胆量过人！他借口去莱比锡市场购买地图，竟身着军服骑着马大模大样地通过了普军防线。普军哨兵以为他是萨克森军官就让他过去了，而他却经过柯堡、耶拿和萨尔费尔德一直到了瑙姆堡，在那里他发现了普鲁士国王和不伦瑞克公爵的大本营。在成功地探明普军的主力部队之后，他又安全地回到了法军防线。
贝尔纳多特也能搜集到有价值的情报。他10月3日报告说，普军主力八万人依然在瑙姆堡，估计霍恩洛厄亲王1O月1日在普劳恩，他有一个二千人的先遣队在霍夫由陶恩齐恩将军指挥。同一天，在左翼的第五军报告说在卡塞尔和富尔达之间没有普军，但普军正在艾森纳赫、爱尔富特和哥达集结。
拿破仑通过所有这些情报工作对敌人的兵力部署有了颇为清晰的了解，现在他准备出击了。敌军显然是在艾森纳赫-耶拿一线展开兵力，仅以一支弱小的兵力掩护其弗兰肯山林的东翼。所以，如能迅速推进到萨勒河谷和埃尔斯特河谷，直指普劳恩、格拉和瑙姆堡，就可以迂回这个侧翼。大军团以缪拉的六个骑兵师为前导，构成其打击力量的六个军现编为如下三个纵队：
右：苏尔特的第四军，内伊的第六军和巴伐利亚军：拜罗伊特-慕赫贝格-霍夫；
中：贝尔纳多特的第一军，达武的第三军，近卫军：班贝格-克罗纳赫-洛本施泰因；
左：拉纳的第五军，奥热罗的第七军：施魏因富特-柯堡-诺伊施塔特。
这就使一支十八万人的打击力量在三十英里宽的正面上以三支平行的纵队向前推进。各军之间都处于相互支援的距离之内。
这个包围普军的大“左旋转”运动的外翼将由苏尔特的第四军担任，苏尔特大胆的战术领导对奥斯特里茨战役的胜利曾作出很大的贡献。拿破仑这一次决心不让其部下对自己的战略计划再有任何误解，而上一次，缪拉的蠢举几乎断送了他包围乌尔姆的安排。因此，他在10月5日向苏尔特发出了下述指示：
拜罗伊特至霍夫之间的地区不适于骑兵作战。我希望你能了解我的计划，以便在重要关头可以给你以指导。我的前进基地在维尔茨堡、福希海姆和克罗纳赫，我将兵分三路进入萨克森。你位居我右路纵队之首，内伊元帅的第六军在你之后约半天的行程，在内伊后面约半日行程则为巴伐利亚军一万人，以上总共五万余人。贝尔纳多特元帅的第一军领导我的中路纵队，在他之后是达武元帅的第三军以及骑兵预备队和我的近卫军，总共七万人。他将经克罗纳赫、洛本施泰因和施莱茨进军。我的左路纵队以第五军为前导，其后是奥热罗的第七军并将经柯堡、格拉芬肖和萨尔费尔德前进，总共四万人。在你到达霍夫之日，其他各路纵队也都将到达与你平行的位置。我通常在中路纵队的最前面。将这样巨大的兵力集中在如此狭窄的正面上，你应明白我决非冒险，无论敌人怎样部署，我都将以两倍于敌的兵力向他进攻。
我相信骑兵是普鲁士陆军中最难对付的兵种，但是如能以你所握有的步兵设法构成方阵，也就没有什么可怕的了。不过，在战争中任何预防措施都不可疏忽，你所属各师务必随时携带三千至五千挖掘工具以便必要时构筑防御阵地，甚至一条简单的壕沟也是有用的。
如果你所遇到的敌人不足三万，那么你可以与内伊元帅会合，集中优势兵力攻击之；但如果是有准备之敌且据有既设阵地，你必须谨慎从事。到达霍夫之后，你的首要任务是与洛本施泰因、埃伯斯多夫和施莱茨建立联系。届时，我将在埃伯斯多夫。你离开霍夫之前所获得的敌情通报可以决定你下一步的行动，或是向我的中路靠拢，或是继续向既定目标普劳恩前进。根据我今天接到的报告，敌人似乎是在向我的左翼移动，因为其主力好象在埃尔富特。
我在此重申，你在通往德累斯顿的路上所发现的一切情况都要经常向我报告，以便我了解敌情的变化。你很可能以为用二十万人的“营方阵”包围那个地方是一项卓越的成就。但那是需要某种技巧并采取大量行动才能实现的。
从未有那一位总司令将其计划和方法向部下作如此清楚而透彻的阐述。这种“营方阵”的概念，三支平行纵队，每支五万人，在三十英里的正面上向前推进的战法是拿破仑战略的精华。如果在正面遭遇敌人，他可以用一个纵队迎敌，而用另两个纵队迂回；如果敌人在侧翼出现，两个军始终可以左右展开迎敌，而以其余兵力支援。这就是拿破仑在耶拿战役的基本作战原则。不过，由于拿破仑在战场上的一个判断失误，他的这种战法才未能完全如愿以偿。
10月7日，拿破仑接到了普鲁士国王的最后通谍，那是在10月1日发出的，要求所有法军必须立即从德意志领土撤走。拿破仑无需进一步寻找借口了。战争即从那一天开始，尽管他宣称第一枪是普军放的。大军团开始通过人烟稀少的图林根山林北进。每人携带四天的口粮，而各军设在维尔茨堡、班贝格和福希海姆的面包房还为每人准备了十多天的干粮。拿破仑是从不忽视行政细节的。
现在，我们再来看看普军的情况。在腓特烈大帝时代，普军象拿破仑的军队一样，曾是一位卓越的最高指挥官手中的工具。但他的侄孙，弗里德里希·威廉三世却未继承这样的领导才能。现在，军队的高级指挥由一个军事会议负责，该军事会议由资深将领组成，不过，国王还是名义上的统帅。战场上的指挥则委托给年长的不伦瑞克公爵负责。在他的麾下，有普军的主力军团和吕歇尔将军指挥的一个独立军，以及由六十岁的霍恩洛厄亲王指挥的一个普鲁士-萨克森混编军团。后者由五个师组成：一个普鲁士师，一个萨克森师，其余三个师则各由二分之一的普军和二分之一的萨军组成。这样的混合建制是很难顺利合作的。此外，不伦瑞克和霍恩洛厄在战略和战术方面的分歧很大，而他们各自的参谋长沙恩霍斯特和马森巴赫相互间也不甚投契。
尽管普军早在8月9日即已动员，并从容不迫地向边境进发，但不伦瑞克直到9月25日才向国王提交他的作成计划。他的意图是从艾森纳赫向西南方向的富尔达和维尔茨堡推进，以威胁法军的交通线。但霍恩洛厄反对这一计划，他希望在萨勒河右岸(即东岸)作战，进抵萨克森边界。10月5日，这个问题被提交到魏玛的一个军事会议上讨论，结果不伦瑞克的计划被采纳，不过作了某些修改。不伦瑞克的军团当时正集结在艾森纳赫-哥达-爱尔福特一线，他拟向西南前进，其左侧翼由封锁图林根山林出口的霍恩洛厄军团掩护。因此，由普鲁士的路易·菲迪南德亲王指挥的霍恩洛厄军团的前卫部队遂从耶拿南下至萨尔费尔德，而陶恩齐恩的萨克森师则向耶拿正南偏东四十五英里处的霍夫推进。不过，普军的这些调动是颇费时日的，由于他们尚未采用军的编制，所以总司令的命令不得不分别传达到十四个师，而拿破仑的作战命令只需传达到六位军长就行了。
与普军的这种优柔寡断和迟钝无力相比，拿破仑的六个军所组成的营方阵却像压路机一样滚滚向前，当然也并非全是轻松悠闲的旅行。奥热罗的第七军不得不以平均每天二十四英里的速度，连续行军九天，而所有的纵队在穿过图林根山林的狭窄通道时都经历了艰苦的行军，并把敌军设在那里的前哨逐退。第一次冲突发生在霍夫，10月8日，苏尔特的前卫在这里与陶恩齐恩的萨克森师遭遇，萨克森师被逐退到北面二十英里的施莱茨，在那里，他们又碰上了贝尔纳多特的前卫，结果在前后夹击之下，萨克森师损失惨重。
指挥霍恩洛厄军团前卫的路易·费迪南德亲王刚抵达鲁道尔施塔特就听到法军前进的消息，他南进至萨尔费尔德。10月10日，他在此与以拉纳为前卫的法军左路纵队遭遇，结果这支由普军和萨军参半的十个步兵营和十个骑兵中队组成的部队被彻底击败，年轻的路易亲王阵亡。
初战败北的消息在不伦瑞克的司令部里引起极大的惊慌。他意识到自己犯了错误，因而向维尔茨堡推进，正好把自己的左翼和后部暴露在拿破仑的优势兵力之下，于是他决定立即退至马格德堡和易北河谷以掩护其与柏林的交通线。在右翼的布吕歇尔军奉命退至魏玛，军团的大部分兵力定于11日在此集中，同时霍恩洛厄奉命将其兵力集结于耶拿以西的高原上以保护其左翼。但这又是一个大错误，因为理应命令霍恩洛厄不惜一切代价守住萨勒河上的渡口。
在图林根山林以北，一片地形起伏的高原缓缓下降伸入易北河谷。这片旷野由于受到易北河的左岸支流萨勒河的横向冲刷，于是在这块石灰石高原上(尤其是在耶拿和瑙姆堡之间)造成了一道很深的沟壑，而萨勒河水就是在比高原水平面低几百英尺的这段沟壑中流过的。路易亲王的惨败和陶恩齐恩部的溃散，使拿破仑的营方阵在整个萨勒河以东地区可以长驱直入了。
10月11日，以苏尔特的第四军为先导的法军右路纵队到达普劳恩；以贝尔纳多特的第一军为前锋的中路纵队进抵奥马以北；而左路纵队的拉纳第五军也进入萨尔费尔德。9日晚，苏尔特送回的情报称敌军正从普劳恩向格拉撤退，这一报告使拿破仑误以为普军主力正在该地集中，并准备会战。但此后不久，缪拉报告说，他的骑兵已通过格拉，发现该地未被占领，萨克森军似乎已向西经由罗达撤往耶拿。此时，贝尔纳多特的第一军也到达格拉，而拉纳的第五军则从萨尔费尔德进至诺伊斯塔特，随后而至的还有奥热罗的第七军。拿破仑此时已将各军成功地集中起来了，但对于敌之部署却仍一无所知。
10月11日午夜，拿破仑在奥马接到了缪拉的一个报告，使他对敌人的行踪终于得到一点线索。在格拉以北抓获的萨军俘虏供称：“普鲁士国王在爱尔福特，有二十万人。”这种含糊和言过其实的说法从所截获的敌方往来信件中得到了部分证实。12日上午4时，拿破仑给两位军长去了信。在致拉纳的信中，先对他在萨尔费尔德的胜利祝贺了一番，然后他写道：
所有截获的信件都表明敌人己晕头转向。他们昼夜磋商，不知如何是好。你应看出我军业己集中而且还封锁了敌军通往德累斯顿和柏林的道路。现在要做的就是碰见敌人就打，以求各个击破正试图集中的敌人。
同时，他还给缪拉写信道：
今天中午以前我将赶到格拉。你从我军的态势可以看出，我正在对敌实施彻底包围。但我必须获得有关敌人意图的情报。察茨的邮局也许可以向你提供若干情报。在前进中要大胆进攻所遇之敌。达武元帅正将其所有骑兵直接派往瑙姆堡。有骑兵相助你必将横扫整个莱比锡平原。
拿破仑此时是如此自信，以致他写信给塔列朗说：
这里的事态发展，每一个步骤，每一件事情都和我两个月前在巴黎所作的估计毫无二致。我还从未失算过。一切都使我深信普军绝无幸免的机会。他们的将领完全是一群白痴。
10月13日凌晨二时，拿破仑在格拉抽空睡了几小时，便提笔给约瑟芬写了一封信：
我的事进展顺利，而且与我所希望的一模一样。……我的身体好极了，自从离开巴黎以来，尽管每天或者骑马或者乘车要走四十五到六十英里，我的体重反而增加了。我每天八点入睡，午夜起床。
拿破仑的意图是以第四、第五，第六和第七军进逼耶拿，渡过萨勒河，在16日进攻普军主力，他认为敌主力就集中在魏玛和爱尔福特之间。与此同时，缪拉的骑兵、贝尔纳多特的第一军和达武的第三军则应夺取萨勒河在多恩堡和柯森(位于瑙姆堡以西)的渡口，以切断敌军向莱比锡或易北河谷的退路。上午七时，他写信给第五军的拉纳，此时拉纳的前卫已逼近耶拿，信中说：
今天下午1点，我将抵达耶拿，途中将经过小镇罗达。届时，你务必让我了解你自己以及敌军行动的消息。我今天尚未向全军下达任何行动命令，我想让部队获得少许休息并尽量收拢。内伊元帅今天要进抵罗达，因此，他与你的距离大约在七英里以内。如果敌军向你进攻，你应立即向我报告。
此后，拿破仑接到了达武在头一天晚上发出的一份重要的情况汇报，说他已占领了瑙姆堡，从战俘和逃兵的供词中确知普鲁士国王已于11日到达魏玛，其兵力集中在爱尔福特和魏玛之间，瑙姆堡和莱比锡之间没有敌军。这个报告使拿破仑进一步确信普军已全部就范，他决定立即实施包围行动，以其右翼切断敌军通往易北河的退路。上午9时，他口述了一封给缪拉的信：
真相终于大白，敌军已开始向马格德堡退却。请尽快与贝尔纳多特军一起向耶拿和瑙姆堡之间的一个大村庄多恩堡运动。特别要带上你的龙骑兵和骑兵。……我想敌军或许会试图向在耶拿的拉纳元帅进攻，不然就会退却。如果他们进攻拉纳，你们就可以从多恩堡予以支援。
他的意图向缪拉是解释得非常清楚的，但遗撼的是对第一军的贝尔纳多特就解释得不那么清楚，而后者在这次包围行动中充当了极为重要的角色。
13日下午3时，拿破仑在离耶拿不到四英里的地方，收到了拉纳的一个报告，说他已占领了该镇并把一支约一万二千人的敌军逐往魏玛方向，另有一支三万人的敌军驻扎在耶拿以西三英里靠近魏玛的大路上。一小时后，拿破仑本人赶到耶拿并在该镇西北一英里半处的兰德格拉芬山与拉纳会合，他从那里侦察了敌军前哨所据守的阵地，那是一条叫做“德恩贝格”的长岭，朝北有一英里长，位于克罗斯维茨村和鲁茨罗达之间。事实上，这个阵地仅有霍恩洛厄的前卫即陶恩齐恩的萨克森师在据守，该师在霍夫和施莱茨曾二次遭受法军的痛击。然而，拿破仑却以为敌军可能于次日向他进攻。由于其他各军尚未到达耶拿，而且还必须在夜间从那里过桥，所以，他立即把近卫军派去支援拉纳。
拿破仑在兰德格拉芬山他的临时宿营地抽空睡了几小时后，就在10月14日清晨口授了下述作战命令：
奥热罗元帅(第七军)指挥左翼，他应将其先头师成纵队置于靠近魏玛的大路上，加赞将军已将在高原的炮兵阵地尽量前置，他在高原左段也应保持足够的兵力，与其纵队的先头部队平齐。此外，他还应沿着整个敌军战线在高地下来的各个路口布置散兵。一俟加赞将军前进，他就应将其全军在高原上展开，并相机前进，以构成整个军团的左翼。
拉纳元帅(第五军)应在黎明前将其全部炮兵部署在其过夜的地方，构成火力线。
近卫炮兵应部署在岭上，近卫步兵则应置于高原的后面，排成五列横队，第一列横队由轻步兵组成，据守山顶。
位于我们右侧的村庄(克罗斯维茨)应以絮歇将军的全部师属炮兵进行轰击，然后立即攻占之。
将由朕亲自发信号，所有人员都应在拂晓时准备就绪。
内伊元帅(第六军)在黎明时应在高原的边沿就位，以作好准备，一旦该村被攻克则立即攀登高原向拉纳元帅的右方前进，然后从那里展开兵力。
苏尔特元帅(第四军)应从右方己侦察过的那条小径展开，并继续留在该地附近构成右翼。
各元帅所部战斗序列均应成两列横队，轻步兵横队不计在内，横队之间的距离不超过二百码。
各军的轻骑兵应置于最适当的位置，以便各军军长可以相机使用。
重骑兵一到达就应进入高原上的阵地，并在近卫军之后充作预备队，视情使用。
今天，当务之急是在平地上展开，以后我们再根据敌人的运动和兵力作进一步的部署以便将敌人从他们目前所占领而对于我方展开又十分必要的阵地驱逐出去。
这道命令很有意思，它是拿破仑在半夜时借助于兰德格拉芬山上的营火口授的。由于大军团进展神速，一时未能弄到该地区的大型地图，所以这道命令既没有提供地图参照，又没有具体的地名，命令中所提到的地形特征----“高原”，“我们右侧的村庄”----都是拿破仑在天黑之前观察敌军阵地时匆匆记下的，当时已来不及仔细侦察并确定敌军的翼侧。这不是供拂晓时发动总攻用的作战命令，其意图仅仅在于发动营方阵展开初步行动，以逐退敌军前哨，进而在魏玛前方的平原上获得回旋的余地，这位皇帝想在那里包围全部普军。不过，拿破仑所处的位置的确是相当危险的。13日至14日的夜间，他在雄踞耶拿城北的那个高原的狭窄边缘上集结了四个军外加骑兵军和近卫军，总共八万多人。
另一个有趣之点是对于缪拉骑兵军的使用，拿破仑现已改变了主意。他原来打算派缪拉指挥其右翼的迂回作战，这样缪拉将负责协调贝尔纳多特(第一军)和达武(第三军)以及他自己的骑兵军之间的行动。也许是拿破仑对于缪拉在乌尔姆包围战中贻误战机一事还耿耿于怀，不管出于什么原因，现在他已把缪拉的骑兵军调到了萨勒河左岸，以便下一步用于追击溃败的普军，而让贝尔纳多特和达武独立行动，结果如我们在下文中将要看到的那样，贝尔纳多特军未能参加即将来临的会战。
10月13日夜间至14日凌晨，大雾笼罩着萨勒河谷及其以西的高原。对于法军而言，这真是幸运之至。因为内伊、苏尔特和奥热罗通宵都在沿狭窄、蜿蜒的小道从耶拿奋力往高原上调动兵力。在把大炮拉上山顶的过程中，他们历尽艰险，拿破仑本人午夜时亲临现场进行监督。
拂晓时，拉纳的第五军和跟在他后面的近卫军(这是当时在高原上进入阵地的唯一法军)向前推进，清除了克罗维茨和鲁茨罗达两村中的萨克森部队。霍恩洛厄于是将其余部和吕歇尔军从卡皮仑多夫调了上来，在高原上集结了约四万七千人。他依靠这些兵力攻占了依塞尔斯塔特和维尔柴恩-海里根之间的另一道山脊，激战随即爆发。上午9时，内伊率第六军赶到，此时晓雾已经消散。内伊本来奉命在拉纳(第五军)的右侧展开，但当他发现拉纳的左侧空虚时，他便象往常一样不顾一切地迅速冲到那里，一举攻占了维尔柴恩-海里根这个关键性的村落。至此，会战全面展开。苏尔特(第四军)在右翼展开，奥热罗(第七军)在左翼展开，法军从普军战线的两端同时进行包抄。拿破仑现已集中了七万五千人对付霍恩洛厄的四万七千人，并亲自指挥作战。普军作战虽然顽强，但动作迟缓僵硬，法军步兵在机动性和主动性方面都远胜普军一筹。法军炮兵的运用也较普军有效，与步兵的协同也较普军密切。到下午时间过去一半时，普军已溃不成军，缪拉的骑兵于是跟踪追击，直扑魏玛和爱尔福特。拿破仑以为他已击败了整个普军，但他错了，他只不过粉碎了担任不伦瑞克军团侧卫的霍恩洛厄部而已。
由于普军在萨尔费尔德和施莱茨受挫，现在又受到法军右翼向格拉和瑙姆堡迂回前进的威胁，普鲁士国王和不伦瑞克公爵决定经梅泽堡和哈雷退回交通线。到10月13日夜，其主力从爱尔福特和魏玛向东北行军到达耶拿以北十四英里的埃卡茨贝加。从埃卡茨贝加通向东北的一条主要干道在柯森隘路处跨越萨勒河后再通往瑙姆堡。10月14日清晨，普军继续通过埃卡茨贝加和奥尔施泰特向瑙姆堡撤退。其前卫由施米图师和布吕歇尔的骑兵师组成。当晓雾升起时，普军前卫在奥尔施泰特东北四英里的哈森豪森村附近撞上了一支法军纵队的先头部队，随即爆发一场激战。原来，他们碰上了达武(第三军)的前卫。现在有必要追述一下组成法军右翼的两个军在过去两天内的行踪。
10月12日傍晚，达武(第三军)遵命到达瑙姆堡，在那里，他的轻骑兵师俘获了普军架桥用的十二艘平底船及其运输船。次日，达武在瑙姆堡与贝尔纳多特(第一军)会合。拿破仑的意图是这两个军应越过萨勒河(第三军利用位于柯森的桥梁，第一军利用位于多恩堡的桥梁)，然后向阿波尔达进军，在那里切断普军的退路。遗撼的是，在贝尔蒂埃下达的命令中未将此意图向两位军长作确凿无误的说明。
10月14日凌晨3时，达武(第三军)在瑙姆堡接到贝尔蒂埃于头天晚上10时，从兰德格拉芬山拿破仑宿营地发出来的命令。该命令通知达武，皇帝已经探明普军位于耶拿和魏玛之间的高原上，拟于14日向普军发起进攻。第三军应从瑙姆堡向阿波尔运动并包围敌军左翼。这道命令接着说：
如果贝尔纳多特元帅还与你在一起，你们可以一道行动，但皇上希望他已到达指定位置多恩堡。
贝尔蒂埃忽略了单独给贝尔纳多特下一道命令。达武一接到贝尔蒂埃的命令便立即带着它去见贝尔纳多特，在请贝尔纳多特过目后，达武建议两军一同向阿波尔达进发，同时表示第三军愿接受贝尔纳多特指挥。但贝尔纳多特拒绝了这个建议，声称他先前只奉命向多恩堡进军，他仍执行以前的命令。这样，他就堵塞了缪拉三个骑兵师的道路。
根据贝尔蒂埃的命令，达武于10月14日拂晓前从瑙姆堡出发。其先头师(古丁师)于上午6时，在狭窄的柯森隘路未遇抵抗即顺利地渡过萨勒河，两小时后抵达哈森豪森。当时大雾弥漫，不伦瑞克军团正在北撤，普军先头部队施米图师与达武军的先头部队古丁师在此遭遇。施米图师得到了布吕歇尔骑兵师的支援，后者向法军纵队冲锋，而法军纵队则组成方阵自卫，达武赶紧将后面的两个师调了上来，部署在哈森豪森和奥尔施泰特之间，战斗遂全面展开。在这关键时刻，不伦瑞克公爵赶到了。他立即派沃腾斯勒本和奥林奇亲王两个师增援施米图和布吕歇尔，这样普军便以其主力与达武一个军会战。然而，这位公爵却头部中弹倒下，施米图也同时阵亡。普王到达后指挥冲锋，但普军阵脚已乱。达武把火炮架在松纳贝格山山脊上对着奥尔施泰特谷地纵射，普军增援纵队像刈草一样纷纷倒下。于是，普王下令退往魏玛，但这样做反而增加了混乱，因为其撤退的队伍碰上了从耶拿战场败下阵来的几千名逃兵，他们正遭到缪拉骑兵的追杀。法军一直追击到很晚才收兵。
耶拿和奥尔施泰特的两次大捷使普鲁士陆军作为一个战斗实体受到了致命的打击。但拿破仑的这次成功却不象在奥斯特里茨时那样是靠高明的战术机动赢得的。他在敌军近在咫尺的情况下，冒险让四个军及其近卫军拥挤不堪地从狭窄的耶拿隘道通过是很不合理的。如果敌人机警而又有胆量的话，拉纳军或许已经被歼了，其他各军也有可能被各个击破。由于在兰德格拉芬山上，拿破仑自以为与其对阵的是普军的全部兵力，因此他对部队这种调度就格外危险。他以七万五千之众的有生力量击败霍恩洛厄分批投入的四万七千人的兵力也并非什么惊人之举。比较而言，达武在奥尔施泰特所取得的成就倒是值得赞叹的，他仅以二万六千人击溃了四万五千普军，这才是一场硬仗。在这场战斗中，法军死亡七千人，其中仅古丁师就损失了三千六百三十人，占其全部兵力的百分之四十以上。
公平地说，拿破仑在耶拿战役中的成功主要是由于普军指挥官的无能。首先在战略上，普军将左翼和后方交通线都暴露在萨勒河谷和萨克森边境之间拿破仑所实施的迂回行动之下；其次在战术上，他们忽略了扼守萨勒河在耶拿和瑙姆堡之间的各个渡口。试想如果普军拼死抵抗，拿破仑是很难使其营方阵渡过水深流急的萨勒河的，而且如果普军夺取并守住了柯森溢路的话，那么达武也几乎不可能到达奥尔施泰待。
这两次大捷的战利品是非常可观的，法军俘获普军二万五千人，野炮二百门，军旗六十面。此后，普军方面便几乎没有什么抵抗，而拿破仑终于在开战三周之后耀武杨威地进入了柏林。途中，他在波茨坦逗留了三天，从逍遥宫拿走了弗雷德里克大帝的宝剑和军功章，并将它作为战利品送给了巴黎残废军人院。
在10月14日的会战中，唯一未赢得荣誉的法军将领是第一军军长蓬特-科沃亲王贝尔纳多特元帅。他在此次战役中的表现受到了拿破仑的严厉谴责。他在拒绝达武关于从瑙姆堡一道向阿波尔达行军的建议之后(该建议显然是皇帝的旨意)，顽固地坚持前往先前指定的地点多恩堡。尽管那一整天他都可以听到从耶拿和奥尔施泰特两个方向传来的枪炮声，他又正处于两个战场之间，到两地的距离都只有七英里，但他却消极地在那里坐等，一直到下午4时战斗结束。若干年后，拿破仑在圣赫勒拿岛曾对此事有所披露：
贝尔纳多特在耶拿的行为如此乖张，以致朕签署了逮捕令要把他送交军法审判。如果果真如此。他肯定会被判刑，因此军队的义愤极大。仅出于对蓬特-科沃亲王夫人的考虑，朕才在把逮捕令交给贝尔蒂埃元帅前的一刹那，把它撕掉了。
在拿破仑遇见约瑟芬之前，贝尔纳多特的妻子德西里·克拉里曾是他的未婚妻，她也是他哥哥约瑟夫的小姨。拿破仑训斥其姨夫在战场上的行为，这既不是第一次也不是最后一次。他不止一次地宽宥贝尔纳多特，与其说是为亲王夫人着想，倒不如说是不愿败坏任何皇族成员的名声。
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